故事開始時唯一僥倖沒被zaft軍偷走的Gat X-number的最後一機，其開發背景為地球連合軍向部份奧布官員施壓而開發的最新形MS之一，設有PS裝甲，能使一般實彈系武器無效化。
機動戰士鋼彈《SEED DESTINY》是機動戰士鋼彈 SEED的續集。於日本時間2004年10月9日至2005年10月1日下午六點在日本MBS、TBS系播放，逢週六播出。台灣版權由博英社取得，並於2005年10月8日起由中國電視公司在每週六播放。香港無線電視則譯為《機動戰士特種命運》，由2006年6月24日至2007年7月7日於無線電視翡翠台和AXN播放。
故事簡介
C.E.70年，發生「血腥情人節」慘劇，地球方面與P.L.A.N.T爆發了持續一年半的戰爭，戰爭延至亞金·杜威攻防戰之後，戰爭短暫平息。經雙方協議後，在「尤尼烏斯7號」簽訂停戰條約，作為今後互相理解與和平共存的誓言。
歐普聯合首長國，以前任代表的女兒卡佳里·由拉·阿斯哈為代表首長，而國力也漸漸回復。
P.L.A.N.T則在締結條約後，臨時議會解散，選出吉伯特·杜蘭朵為新任議長，並領導重建。
而幕後支配地球聯合的組織「藍色宇宙」，由新盟主洛德·吉布列領導，再次滲透影響力，干預軍方內部。
但在C.E.73年，戰爭再次開始。
機動戰士鋼彈《SEED》
第1話「虛偽的和平」
宇宙紀元７０年。為追求經濟圈的確立，札夫特軍(調整者)與地球聯合(自然人)的摩擦以「血腥情人節」的悲劇為契機，發展成武力衝突。擁有MS的扎夫特軍在各地都獲得壓倒性的勝利。浮在L5的中立國「歐普」的資源衛星「海利歐波里斯」。
煌.大和是在該地的工業大專院校上學的學生。像往常一樣去聽講的他，在那裡遇上了扎夫特軍鋼彈奪取作戰行動的現場。海利歐波里斯因為工廠各地發生的爆炸及侵入殖民地的MS基恩而陷入混亂。奇襲行動成功致使聯合軍秘密製造的五架最初的MS”鋼彈”，有三架落入扎夫特的手中。
煌在臨近的工廠中尋找避難場所，偶然目擊剩下的兩架鋼彈。在那裡他遇到了潛入的扎夫特軍人，過去的好友阿斯蘭．薩拉。兩人困惑不知如何是好。
另一方面，工廠內的爆炸越來越大。地球軍的事官瑪琉．拉米亞斯的強拉煌一起進入攻擊鋼彈的駕駛艙。在紅蓮火炎中，鋼彈現在即將站起。
第2話「其名為鋼彈」
在熊熊燃燒的火舌中，煌與瑪琉進入攻擊鋼彈駕駛艙。雖然勉強逃離了爆炸的工廠，馬上又面臨等待的扎夫特的ＭＳ基恩！受傷且本就不是駕駛員的瑪琉，自然無法駕駛鋼彈。陷入遭受基恩攻擊的大危機時，煌挺身而出代為操縱。他以令人驚異的速度修正了鋼彈的ＯＳ。發揮攻擊鋼彈的潛能，以壓倒性的力量擊敗基恩。逃過一劫的煌與友人被瑪琉以知道軍方機密為由，遭到拘捕。雖然不平，但也只能服從。
同一時間，穆察覺拉烏的行動，也趕往海利歐波里斯。在戰場相會的兩架一邊交戰一邊闖進殖民地裡面。
另一方面，被關在遭爆破的礦山內的娜達爾，組織剩下的幾人一起啟動大天使號。此時海利歐波里斯開始有令人害怕的鳴動。其中，拉烏控制的ＭＳ席古與攻擊鋼彈展開了戰鬥。煌被身經百戰的拉烏玩弄在手掌心。即使有穆加入支援，形勢依然不辦。就在千鈞一髮的一刻，大天使號突破岩壁，現出其威容。
第3集「崩潰的大地」
拉烏的席古攻擊煌等人。此時大天使號在眾人面前現身了。亂鬥中，攻擊鋼彈瞄準拉烏射擊，竟然將殖民地誤擊出一個大洞。眾人都被那個威力嚇得目瞪口呆。拉烏見勢不妙，立刻脫離。
煌等人上了大天使號。見到開動鋼彈的人竟然是個小孩，這事實震驚了在場士兵。穆看出了煌調整者的身份。
另一方面，返艦的拉烏感到鋼彈的性能是個崴脅，決定再度攻擊。阿斯蘭在未許可的情況下，擅自出擊，駕駛神盾鋼彈去找煌。
被煌改寫ＯＳ的鋼彈除了煌，任何人都無法操縱。雖然煌拒絕操縱，但是面對敵人的逼近，煌並沒有任何選擇的餘地。再度展開的戰鬥，又重傷了殖民地。煌擊落了米蓋爾的基恩。與駕駛神盾鋼彈的阿斯蘭在戰場上又再度交手。兩位少年為彼此的敵對立場而困惑。另一方面，身邊的戰鬥也更加火熱化。受到致命性傷害的海利歐波里斯，開始崩潰。
第4話「靜音潛航」
煌從崩潰的海利歐波里斯的宙域帶著逃生艇一起返回大天使號。芙蕾也在那艘船上。大天使號採取前往友軍軍事衛星阿爾緹蜜斯的航路。拉烏在一度跟丟大天使號之後，又推算出大天使號的行動，採取了切斷進路與退路的作戰計劃。
歸艦後，煌與托爾一起待在難民居住區。對於提出的維護鋼彈的要求，煌反彈地表示自己並不是駕駛員。
另一方面，被拉烏質問上次擅自出動原因的阿斯蘭，表明了自己想勸服友人煌的意向，表發誓萬不得已時，會親自殺死好友。
事態如拉烏所預料的，大天使號遭到前後夾擊。戰鬥配置的警報聲響起，托爾等人顧及煌的負擔，自願加入幫忙艦橋的工作。獨自煩惱的煌被穆的話與朋友的行動打動，決定再次駕駛鋼彈。
引擎起動的同時，大天使號的特裝砲發射了。彷彿以此為信號，敵艦也放出了ＭＳ隊。煌在彈射器的位置上大喊“煌大和！鋼彈出動！”
第5話「相轉移裝甲失效」
攻擊鋼彈面臨被奪走的四架鋼彈。煌與阿斯蘭在戰場上再度遭遇。決鬥鋼彈插入兩人之間，暴風鋼彈、電擊鋼彈也過來會合，戰況極度混亂。另一方面，先行出擊的穆突襲符澤琉斯號，嚴重受損的符澤琉斯號因而被迫脫離。向阿爾緹蜜斯的傘進攻的伊薩克、迪安卡無視撤退命令繼續攻擊煌。由於不適應戰鬥，消耗了大量能源的攻擊鋼彈的相轉移裝甲都自動失效，陷入大危機。
此時，MA形態的神盾鋼彈帶走了煌。 互相衝突的想法，以及決別。在穆的支援下，煌換上重砲型攻擊裝備，勉強擊退伊薩克等人。
第6話「消失的鋼彈」
勉強擺脫札夫特追擊，大天使號逃進了阿爾緹蜜斯軍事要塞。但是在那裡等著的，是友軍士兵對向自己的槍口。 大天使號的船員們遭到要塞司令官加路西亞軟禁。雖然同屬地球聯合軍，瑪琉等人屬於大西洋聯邦，可是阿爾緹蜜斯是屬於歐亞聯邦的要塞。並非完全相同。加路西亞企圖以大天使號和鋼彈為禮物，藉此榮升回地球。加路西亞以友人為盾牌，要求煌解除鋼彈被上的鎖。
同一時候，在遠方的伽莫夫號正對阿爾緹蜜斯展開討論。阿爾蜜斯一向以全方位光波防禦帶這個特殊的防禦武器來擊退攻擊的敵人。然而，電擊鋼彈的幻象化粒子，卻突破了這個防禦武器。
受到突然攻擊的阿爾提蜜斯，裡面的士兵因對光波防禦帶有絕大自信而紀律鬆弛，根本無法應付意料外的事態。
煌趁機逃脫進入打擊鋼彈，迎擊攻來的電擊鋼彈。然而外面還有決鬥鋼彈與暴風鋼彈在攻擊阿爾緹蜜斯。與電擊鋼彈的戰鬥導致要塞破損進水，煌與逃脫的大天使號一起離開了這個開始崩潰的無敵要塞。
第7話「宇宙的傷痕」
利用扎夫特的攻擊，大天使號脫離了阿爾緹蜜斯要塞。但是艦內物資不足的情況也變得更加嚴峻。在不安升高的同時，穆心生一計，讓大天使號前往碎石帶，想從被遺棄的船艦中取得物資。血腥情人節中毀滅的尤尼烏斯七號殖民地也在那地方。
拉烏返回殖民地出席最高評議會的審查會以說明海利歐波里斯崩潰的來龍去脈。.他與國防委員長派屈克.薩拉串通，故意將內容導向打倒自然人的方向。
托爾等人持續展開從尤尼烏斯七號殘骸中搬走物資的作業。少年們在這漂浮的大陸親眼目擊了戰爭的現實面。煌遇到負責哨戒的偵察型基恩，那既基恩前往的方向正好就是大家搬運的現場。雖然祈求不要過來，基恩還是發現了托爾等人。在這千鈞一髮之刻，攻擊鋼彈打下了基恩。此時，煌頭一次體會到自己奪走的生命的份量。然後，又在現場撿回了搭乘逃生艇的拉克絲.克萊因。命運的邂逅與哈囉一起降臨。
第8話「敵軍的歌姬」
碎石帶中救回來的逃生艇，裡面的乘員是一位少女與小機器人，拉克絲.克萊因與哈囉。現任殖民地最高評議會會長席蓋爾.克萊因的女兒。
天真爛漫的她，給緊繃的大天使號內部帶來了奇妙的安祥和的感覺。唯一例外是，對調整者天生厭惡的芙蕾.阿斯達。
同一時候，在符澤琉斯改造期間返家的阿斯蘭又接到召集令。要求他去尋找未婚妻拉克絲.克萊因。大天使號艦橋為了如何處理拉克絲的事而一陣騷動。這時有則通訊傳入。那是他們等待已久的救援之手。這個好消息讓艦內的氣氛又輕快起來。
但是，扎夫特的符澤琉斯也正逼近這個救援艦隊…。
第9話「消失的光明」
期待已久的救援終於來了。大天使號艦內氣氛一度暫時緩和。過來會合的是第八艦隊的先遣隊，蒙哥馬利、巴納德、以及洛。芙蕾之父，地球聯邦外務次官喬治.阿斯達也在蒙哥馬利艦上。但是，扎夫特的獠牙卻不放過這個小艦隊。大天使號見狀不妙、趕往支援，看到的是被神盾鋼彈瞬間擊沉的巴納德與洛。阿斯蘭橫亙在駕駛攻擊鋼彈出擊的大和煌面前。雙方打得不分上下。眼見扎夫特艦逼近蒙哥馬利號，父親的生命即將不保，芙蕾拖出被軟禁的殖民地評議會議長之女拉克絲.克萊因到艦橋，威脅扎夫特軍，以拉克絲的生命來替換蒙哥馬利號的安全。然而芙蕾並沒有如願，蒙哥馬利號在她眼前被符澤琉斯的砲火擊沉。芙蕾失控尖叫。心意已決的娜達爾以拉克斯為人質，讓符澤琉斯號停止了攻擊。
第10話「分歧的道路」
大天使號以拉克絲.克萊因為人質，讓扎夫特軍艦符澤琉斯停止了攻擊。然而，目睹救援艦隊全滅卻帶來了眾人心理上巨大的打擊。目睹父親被殺的芙蕾陷入半瘋狂狀態，滿腔怒氣都倒往煌的身上。「你是因為自己也是調整者，所以才沒有認真的作戰對吧!?」
此時對飽受折磨的煌好言相慰的是遭到軟禁的扎夫特歌姬拉克絲。拉克絲不只認識煌的好友阿斯蘭，而且還是阿斯蘭的未婚妻。煌回顧往日的好友，及現在刀劍相向的現狀。拉克絲很平靜地說：「如果可以不用讓那兩人為敵就好了。」在思索良久之後，煌決定親自護送拉克絲回到阿斯蘭身邊，在友人幫助下，擅自出動了攻擊鋼彈。這是攻擊鋼彈與神盾鋼彈，煌與阿斯蘭第四度碰面。將拉克絲交到阿斯蘭手中，煌不顧好友的勸說，轉身離去。彼此的命運就此錯開。這是兩人真正的訣別。
第11話「覺醒的利刃」
煌遵守與友人的約定返艦。擅自護送拉克絲給扎夫特軍的問題以在瑪琉的裁決下沒有被懲罰。目睹先遣艦隊全滅確實給托爾等人帶來打擊，但是即將遠離戰爭的安心感還是大過一切─唯有芙蕾例外。奪走父親生命的神盾鋼彈的駕駛員，正好是煌的好友。偶然得知的這個消息讓她的心更是雪上加霜。之後，在友人面前現身的她，說的第一句話竟然是向煌道歉。這意外的言詞讓煌大感困惑。此時，警報響起了。三架鋼彈想在艦隊會合前做最後的攻擊。在向難民少女與芙蕾做下保護大家的承諾後，煌上了戰場。扎夫特軍看清大天使號的戰鬥模式，攻勢極為猛烈。電擊鋼彈擺脫攻擊鋼彈與零式的阻擋，逼近大天使號的艦橋。在這千鈞一髮的瞬間，煌的身上不知產生了什麼變化，攻擊鋼彈一轉手就擊退了決鬥鋼彈。由於伊薩克受傷的關係，剩下兩架也跟著後退。很快的，就要與第八艦隊會合了。
第12話「芙蕾的選擇」
大天使號終於與地球聯邦軍的第八艦隊會合了。
慌忙中，彷彿要珍惜最後一面一樣，瑪琉對努力維護攻擊鋼彈的煌致謝，感謝他迄今為止所做的一切。旗艦墨尼拉俄斯的艦隊司令哈爾巴頓提督親自登上大天使號。瑪琉與哈爾巴頓很歡喜的重逢。哈爾巴頓提督正是「G」計畫的第一推進者。會議中，大天使號被告知接下來前往聯邦軍地球本部阿拉斯加一事。同時，煌的待遇也成了會中的爭議點。娜達爾主張應將煌留下來駕駛攻擊鋼彈。這個意見一提出就被哈爾巴頓喝止。為了便於文書作業，追溯入伍的賽伊等人從娜達爾手中拿到退伍許可證。但是，芙蕾卻在當場表明志願入伍的意志。賽伊等人大吃一驚。芙蕾聲明為了繼承戰死的父親遺志，要為終結戰爭而工作。一群好友就這麼半推半就的志願入伍。然後，分開的時刻來臨了。難民們上了逃脫用小艇。煌在此時收到了友人們轉遞的退伍許可證，並得知友人們都已正式成為軍人。警笛聲再度響起。拉烏艦隊集結戰力，發動了最後的總攻擊。這時候，煌的腦中浮起了瑪琉、哈爾巴頓、難民少女的話，丟下退伍許可證，走上攻擊鋼彈。
第13話「宇宙星降」
第八艦隊與扎夫特軍在地球軌道上的壯烈會戰開始了。數量上佔優勢的聯邦軍，在擁有基恩、派出四架鋼彈的克魯澤隊之前，戰艦被接二連三的擊沉。激戰期間，大天使號果斷執行緊急地球的行動。為了守護大天使號，煌抱著必死決心出動，遇到誓言報仇的伊薩克的決鬥鋼彈的阻攔。降落行動已經快要倒數計時了，扎夫特艦伽莫夫拼命地猛攻。在這危機中，哈爾巴頓提督捨身阻止伽莫夫，在宇宙中壯烈陣亡。此外，在戰鬥中，煌目睹了被伊薩克憤怒的光線擊破的是煌一路保護過來的難民。大天使雖然成功逃出，付出的，卻是犧牲掉第八艦隊的代價。
第14話「在無盡的時光中」
與第八艦隊發生軌道會戰的前夜，拉烏在符澤琉斯號的個人房間內述發內心的感想。從襲擊海利歐波里斯至今，「血腥情人節」的悲劇之後，殖民地最高評議會到現在仍在穩健派作風與強硬派作風之間擺盪不定。但是，奪取鋼彈以後情勢大幅倒向強硬派，「自然人不可饒恕….」，戰火似乎即將擴展開來。整個事情的開端，始於一個男人。喬治.葛倫。在各方面都大幅凌駕常人的他，原來不是普通人類。他是接受基因操作而誕生的人，也就是第一代調整者。最後這個人也喪生在他所帶來的調整者與自然人的爭執中。在大決鬥之前，他所想的是兩種人類的將來還是….？
第15集「各自的孤獨」
為了搭救進入大氣層時與決鬥鋼彈交手的攻擊鋼彈，大天使號偏離了預定位置，降落到扎夫特勢力範圍的非洲。煌被救出來以後，由於受到損傷過重，人發高燒婚彌不醒。隨身照料煌的人，出乎意外的，卻是芙蕾。沒多久，調整者的煌，以驚人的速度康復了。。但是，看到芙蕾帶來的紙花，煌又再度陷入恐慌狀態。那是在煌的目前喪命的少女送給他的。芙蕾以慈母般的溫柔安慰煌，縮短了心靈受創的兩人之間的距離。暗中觀察前往阿拉斯加、在沙漠中前進的大天使號。卡佳里.由拉.阿斯哈也是在旁觀察的游擊隊的一員。
第16集「燃燒的沙塵」
大天使號在非洲沙漠。連喘息的時間都沒有，就遇到扎夫特軍綽號沙漠之虎的安迪所率領的地上部隊的夜襲。煌無法壓抑求戰的情緒，在黑暗中出擊了。但是，在陌生的沙漠的戰鬥，使得攻擊鋼彈腳步不靈活，被身手活躍的敵人逼入了苦戰。這時拯救煌脫離險境的，是卡佳里.由拉.阿斯哈率領的游擊隊。
第17集「再逢卡加里」
得到反抗軍「光明沙漠」的幫助，攻擊鋼彈擊退發動猛烈攻擊的巴庫部隊。在等待天明，與大天使號會合的人員中，煌與海利歐波里斯遇襲時碰面的少女卡佳里.由拉互相驚訝的發現彼此。反抗軍的頭目，賽布帶領瑪琉一行人到基地參觀時，告知一行人聯邦軍在飛洲的據點維多利亞基地已經被攻陷。於是大天使號決定穿越紅海，由太平洋到阿拉斯加。但是，路上卻有沙漠之虎安迪.渥特菲德跟地上航空母艦雷塞布斯的阻撓。同一時候，渥特菲德正準備對光明沙漠展開報復攻擊。當夜，大天使號的船員們得到暫時的休息。煌調整攻擊鋼彈的設定，為即將再度發生的作戰而準備時，被捲入賽伊與芙蕾的口角。當芙蕾告知自己與煌的關係不淺時，賽伊惱怒的逼問煌。面對咄咄逼人的賽伊，煌壓抑已久的情緒一下子就爆發出來。這時候，反抗軍的家人居住的阿哲高原遭到了攻擊。
第18集「報復」
札夫特軍的雷賽布斯攻擊反抗軍居住的地方，阿哲高原。這時候，態度驟變的芙蕾導致賽伊與煌之間的關係產生決定性的裂痕。另一方面，穆與反抗軍的人員趕往阿哲高原時，驚訝發現敵軍早已撤退，而且受害程度也沒預料的大。但是，還是有幾名反抗軍的人憤不可抑的對札夫特軍發動追擊。煌的攻擊鋼彈也出動掩護，但是卻無法挽回許多突襲隊的人的性命，但老虎卻也再次確定了攻擊鋼彈駕駛者的實力，撤離了軍隊。
第19集「宿敵的獠牙」
由於物資的補給欠缺，煌與卡佳里潛入札夫特軍基地所在的市政局的市場。兩人偶然與沙漠之虎安迪.渥特菲德結識。兩人被安迪耍得團團轉。沒多久，一伙人又遭到藍色宇宙派的攻擊。之後到了老虎的官邸，老虎也問煌為何而戰，明知道煌是攻擊鋼彈的駕駛者，卻送走了他們...另一方面，瑪琉為了煌與卡佳里沒有返回大天使號而深感不安。這時候，賽伊想開動格納庫內的攻擊鋼彈，卻無法控制，氣憤的哽咽哭泣。芙蕾見狀，眼角也隱隱泛著淚光。
第20集「平穩的日子」
阿斯蘭前往拉克絲的家中拜訪。兩人在這棟位於殖民地的高級住宅街的克萊因邸之中，和樂融融的快樂聊天。阿斯蘭聽說煌至今依然珍視以前他贈予的小鳥，心中一片愁悵。在此同時，他們的父親所參加的殖民地最高評議會，正在激烈爭論是否應該讓戰爭持續下去。而在地球，停留在反抗軍基地的大天使號，以正為了突破沙漠之虎的防線而逐步進行計劃。
第21話「砂塵的盡頭」
留在直布羅陀基地的伊薩克與迪安卡在雷賽布斯會合了。大天使號與反抗軍向雷賽布斯發動決戰。沒多久，巨大的爆炸火燄讓反抗軍動搖了。原來他們事先布置好的地雷陣，已經被破解了。「沙漠之虎」這次是真的露出獠牙了。當戰鬥越演越烈的時候，卡佳里為了打破僵局，駕駛空中霸者出動。煌的攻擊鋼彈被渥特菲德的拉寇逼得走頭無路，親身體驗到戰鬥的殘酷。此時，機體的能源也快要用完，在最後的精神爆發後，攻擊鋼彈撤離了羽翼配備，迅速的將破甲者插入拉寇的背部，打贏了戰鬥，但煌卻也再次體驗到戰爭的無理也跟著掉下淚。
第22話「染紅的大海」
激戰之後打倒了渥特菲德，攻擊鋼彈與大天使號為了避開扎夫特軍的攻擊，向阿拉斯加前進。進入紅海，精神一直很緊繃的船員們才鬆懈下來沒多久，扎夫特軍的摩拉西姆隊就率領著空中戰鬥用的MS迪因和水中用MS古恩，劃破了寂靜，從海、空兩面對薩天使號發動攻擊!!第一次的水中戰鬥使得攻擊鋼彈陷入了苦戰。另一方面，留在宇宙的克魯澤隊的阿斯蘭與尼可終於也向地球出發了。
第23話「命運的邂逅」
大天使號勉強擊退了扎夫特軍，但是還是被糾纏不清的摩拉西姆隊潛水母艦給逼進了苦戰。其中，卡佳里自己也駕駛了空中霸者進入戰場。另一方面，阿斯蘭與尼可降落到直布羅陀，以率領四架鋼彈的薩拉隊的隊長身份，負責指揮追擊大天使號的任務。阿斯蘭為了接收卡貝塔利亞基地的MS母艦，搭乘運輸機的途中，與中彈的卡佳里機發生戰鬥。阿斯蘭搭乘的運輸機與卡佳里的空中霸者在戰鬥之後，雙雙中彈墜落在無人島上。
第24話「只有兩人的戰鬥」
卡佳里的空中霸者與運輸神盾鋼彈的運輸機發生戰鬥，中彈迫降在無人島，然後，卡佳里在無人島與乘坐被擊落的運輸機的阿斯蘭在沙灘上相遇。雖然卡佳里被阿斯蘭抓了起來，但是在電波狀態不佳，彼此無法連絡友軍的情況下，倆人只好一起等待救援。兩人很生硬的道出了彼此的經歷。另一方面，由於卡佳里沒返回大天使號，煌急著駕駛攻擊鋼彈出來搜救。而後，煌找到了卡佳里，而阿斯蘭也獲得尼可的救援，
第25話「前往和平之國」
大天使號與阿斯蘭的薩拉隊在歐普近海展開戰鬥。薩拉隊的激烈攻擊漸漸把大天使號逼得無法招架。眼看著一步步接近歐普領海，扎夫特軍與大天使號同時受到中立國歐普軍的警告。卡佳里的勸說毫無作用，受到決鬥鋼彈、暴風鋼彈、電擊鋼彈、神盾鋼彈的圍攻，大天使號引擎中彈，無法操控，還是進了中立國歐普的領海。在歐普軍的洋攻下，大天使號駛入了淤能基呂島。
第26話「時機」
自從中立國歐普在太空的殖民地海利歐波里斯遭到攻擊開始，少年煌大和駕駛的攻擊鋼彈就與大天使號一路展開逃命之旅。在扎夫特軍的層層追殺中，煌與過去的好友阿斯蘭.薩拉，屢次在戰場上相逢。兩人迫於無奈，內心不知歷經多少煎熬。回憶像電影一樣一幕幕的翻過，來到了現在，迎向未知的將來。
第27話 「無止盡的輪舞」
戰鬥受創的大天使號在歐普的甲板上接受修理，而大天使號迫於即須援助的無奈情勢，只能將煌跟攻擊鋼彈的資料出借於摩根雷提社...。歐普的技術主任愛莉卡一邊追溯大天使號和攻擊鋼彈與扎夫特軍的戰鬥軌跡，一邊分析資料。中途，煌被帶入摩根雷堤社的工廠。摩根雷堤的技師愛莉卡要求煌來支援公司開發進度落後的歐普軍MS「異端鋼彈」的OS。卡佳里知道此事，卡佳里指責歐普以防衛為名目，擁有強大軍事力量，卻在殖民地和地球軍之間扮演善人的作法。另一方面，阿斯蘭小隊也在著手準備追擊大天使號的工作，秘密潛入了這個和平之國。
第28話「煌」
在瑪琉的奔走下，米蕾莉亞等人獲准在歐普軍總部與父母面會。在大伙兒與親人相會的喜悅氣氛中，失去父親的芙蕾跑去不肯與家人面會的煌的房間。芙蕾理解煌的溫柔體貼為同情，而非常憤怒，對煌發洩怒氣。煌錯愕的呆立原地。就在這時候，潛入歐普的阿斯蘭等人，正在刺探摩根雷堤的情況。飛到空中的小鳥找到了阿斯蘭，追在小鳥後面的煌與阿斯蘭隔著一層籬芭重逢了。雖然心中有許多掙扎，但是兩人還是只有選擇錯身而過一途。
第29話「命運之楔」
大天使號結束了修理跟補給以後，從歐普出航了。卡佳里想與大天使號同行，但是被父親烏茲米說服，了解了戰爭的源頭。潛服在地下刺探動向的扎夫特軍，看透了歐普軍艦隊的魚目混珠之計，大天使號離開歐普領海以後，馬上遭到四架鋼彈的攻擊。在煌、穆之後，煌的好友托爾也上戰場了。在敵我難分的混亂激戰中，煌的攻擊鋼彈與阿斯蘭的神盾鋼彈激烈衝突，最後，阿斯蘭決心以死來斷絕與煌的痛苦鬥爭，卻沒想到尼可再不顧電擊鋼彈受損嚴重的千鈞一髮之際趕來救援，煌出於戰鬥本能的將巨劍砍入電擊鋼彈的腰部。
第30話「閃光的時刻」
打敗薩拉隊的鋼彈之後，等待著煌的，是梅鐸與整輩兵的讚賞之聲。煌緊緊握住拳頭，忍受著眾人的歡呼，不滿的言語脫口而出，卻再次被穆教訓了一番。另一方面，與煌的戰鬥中，失去了重要戰友，使得克魯澤隊員們的心理大為動搖。阿斯蘭心中暗暗後悔自己太過天真，沒有狠下心來戰鬥。在忍不住自我苛責下，阿斯蘭決定下次一定要親手殺死煌。再次找上門來的薩拉隊的鋼彈與大天使號的戰鬥，以及煌與阿斯蘭的戰鬥，變得比先前更加白熱化，托爾開的空中霸者機二號來支援煌，卻遭到阿斯蘭擊破，而煌與阿斯蘭兩人在悲憤的情況下，雙雙達到了精神狀態的爆發。然後神盾的四爪夾住了攻擊鋼彈，海妖魔獸砲能源用盡...然而阿斯蘭卻毫不猶豫了按下自爆裝置...
第31話「慟哭的天空」
神盾鋼彈起動自爆裝置，使得攻擊鋼彈也被捲入爆炸。攻擊鋼彈與空中霸者二號機的通訊同時中斷，在大天使號艦內引起一陣騷動。滿身瘡痍的大天使號遭到扎夫特軍緊密追擊，卻俘虜住了迪安卡以及回收了暴風鋼彈，瑪琉向歐普發出求救援訊號，以苦肉計解決了這場危機。這時候，歐普的救援隊來到了神盾與攻擊鋼彈發生激戰的島嶼附近。在那裡，只發現到攻擊鋼彈與神盾鋼彈的碎片。歐普救援隊在附近搜索，發現了穿著紅色駕駛服，被海水打上沙灘的扎夫特兵。
第32話「約束之地」
犧牲許多人命之後，大天使號終於抵達阿拉斯加的地球聯合軍總部。在基地，所有人都被命令在船上待命，不准下船。九死一生，好不容易才抵達總部，受到這樣的待遇，令船員們內心裡產生陣陣的不安。這時候，扎夫特軍在卡貝塔利亞基地接到克魯澤隊的調動命令。於此同時，煌在殖民地的拉克因府醒過來。煌原本自己已經死在與阿斯蘭的死鬥中，沒想到卻被神秘男子救了一命，而大為吃驚。拉克絲對吃驚不已的煌投以溫柔的微笑，使得煌放下心來訴說心事。
第33話「黑暗的胎動」
以俘虜、扎夫特士兵迪安卡為中心，失去托爾的米蕾莉亞等人，在半狂亂的狀況中，向迪安卡興師問罪。大天使號的船員聽到一伙人的騷動聲，急忙趕到，才將事情平息下來。大天使號少年兵們處在辛酸難過的氣氛之中。這時候，瑪琉、穆、娜達爾受到沙札藍德上校的審問。沙札藍德對於瑪琉讓調整者少年來操控攻擊鋼彈這件事，展開了嚴格的逼問。在那死纏爛打的審問的同時，大天使號的穆、娜達爾以及芙蕾這三個船員收到了調職的命令。
第34話「放眼所見」
芙蕾對調職命令心感不服，穆也不甘願地服從命令。支撐大天使號的船員被調走，船上軍心一陣動盪。而更加雪上加霜的是，大天使號被從第八艦隊，調離到阿拉斯加總部的守備隊了。另一方面，衛星軌道上、地上基地、在海中行走的潛水艇等等，扎夫特軍幾乎已經完成了集結動作。薩拉最高評議會議長為了讓戰爭早點結束，發動了「割喉作戰」。當曉得了這個作戰的真正目標，不是巴拿馬而是阿拉斯加的約書亞地球軍總部時，在克萊因邸療養的煌，為了保護在阿拉斯加的大天使號船員，為了找出戰鬥的意義，決定返回地球。臨行前，拉克絲將自由鋼彈偷送給了煌，在阿斯蘭返回殖民地的同時，看到了藍白交錯的MS飛向地球....
第35話「舞降之劍」
大天使號在阿拉斯加與MS部隊展開激戰。面對排山倒海而來的扎夫特軍MS部隊，主力軍已派去守護巴拿馬的的聯合軍，自然陷入了苦戰。這時候，穆知道了軍方上層是基於戰略因素故意棄守阿拉斯加基地，勉強找到戰鬥機來開回大天使號。同時，不想離開大天使號而在基地內徘徊的芙蕾，被拉烏給給捉走了。戰局中扎夫特軍佔了上風，戰爭眼看似乎就要結束時，聯合軍引發了同歸於盡的陷阱。差不多在這時間，大天使號被扎夫特軍包圍起來，已喪失逃脫的機會。在金恩的圍堵下，正覺得萬事休矣的時候，眼前突然出現從未見過的鋼彈，展開雙翼站立在前，正是煌駕駛札夫特新型載裝反中子干擾器核子動能的自由鋼彈。在煌的強力炮火之下，連伊薩克也再次被擊倒，最後獨眼巨人系統終於啟動了，在彷彿地獄之火的吞噬下，只有大天使號跟在外圍的札夫特鑑倖存留下....這場戰爭所犧牲的八成札夫特軍以及所有歐亞聯邦的部隊，卻只換得大西洋聯邦的嘲笑。
第36話「以正義之名」
割喉作戰計劃失敗的消息，讓扎夫特國防委員會陷入混亂。就在同時，派屈克薩拉知道了扎夫特軍機秘開發的自由鋼彈被偷走，而且拉克絲還是共犯之一的時候，便喚來阿斯蘭通知這個消息。得知拉克絲犯了叛國罪遭到通緝，兩人的婚約已經失效，阿斯蘭一陣錯愕。薩拉議長掩不住憤怒，命令殺掉拉克絲.克萊因與奪走自由鋼彈的所有相關人物。另一方面，在阿拉斯加發動了獨眼巨人之後，解除危機的大天使號船員們與煌快樂的重逢。然而，煌的內心，從在殖民地與拉克絲相會後，就不斷想找出在這場戰爭中戰鬥的意義。同時，在哈囉引導下，阿斯蘭與拉克絲重逢，得知了煌還活著的消息。驚愕的他，遭到拉克絲的逼問「你是抱持什麼信念而戰的?」阿斯蘭錯愕不止，但在情勢所逼之下，決定讓拉克絲先行離去...而在派屈克薩拉奪回自由鋼彈命令之下，阿斯蘭決定駕駛跟自由鋼彈同時期開發的正義鋼彈，去找尋自己的信念....
第37話「神之雷」
滿身瘡痍的大天使號勉強從自爆的阿拉斯加基地逃出來。為了修理受傷的船身，開到了歐普的淤能碁呂島。見到煌還活著，卡佳里忍不住淚水盈眶地撲向煌的身上。另一方面，失去了阿拉斯加的聯合軍為了準備戰爭的最後一仗，以國際情勢惡化為由，不容許歐普維持中立國的立場，強制要求歐普協助地球聯合。札夫特軍為了拿下最後的質量投射裝置，在黎明的時候，巴拿馬的大地上成了扎夫特軍數量龐大的MS部隊的阿拉斯加復仇戰的舞台。面對這些敵人，地球聯合軍投入了自認為可以扭轉形勢的新型「量產攻擊鋼彈」反擊部隊，但卻被從札夫特軍自宇宙投下的「奧丁神槍」EMP裝置給完全擊破，質量投射裝置慘遭摧毀，巴拿馬就此淪謝..。阿斯蘭再度來到了與尼可永別的傷心地。此時，在歐普的摩根雷堤工廠修理的攻擊鋼彈即將甦醒，迎接新主人穆的來臨。
第38話「決心的砲火」
扎夫特軍將巴拿馬得手後，地球聯合軍為了得到地球上最後的質量投射裝置歐普的「輝夜」，地球聯合內部擬立了一個策略。佔地球聯合的主導地位的大西洋聯邦，與一位男子共同對歐普設下了下一個策略。霍姆拉朗讀了地球聯合對歐普的最後通牒。面對歐普再三拒絕聯合軍的要求，該內容是勒令歐普解除現在的政權、並解除武裝。如果不順從，將被視為支援扎夫特的國家，遭到武力討伐。把世界一分為二，非友即敵的二分法，讓人無從選擇的選擇題，使歐普的首長們頭疼不已，烏茲米則忿恨不平。差不多同一時間，瑪琉促請全體船員決定自己是要參加戰鬥還是直接下船。在緊迫的時間中，市民撤離了市中心與軍事相關設施周邊區域，米蕾莉亞也擅自決定將迪安卡放走。全國進入備戰狀態。然後，時間來臨的同時，戰爭的火苗也燃起了，迪安卡也駕駛著暴風鋼彈護衛大天使號。地球聯合軍最先進的三架鋼彈與煌駕駛的自由鋼彈對決了。儘管那三架鋼彈的駕駛員我行我素、對自己人也絆手絆腳的，煌還是趨於下風，在千鈞一髮之際，替自由鋼彈擋下光束的是一架從未見過的紅色MS。
第39話「阿斯蘭」
這時煌的前面出現了阿斯蘭駕駛的正義鋼彈，這敵我難分的MS的登場，使戰場氣氛頓時更加緊張。然而，他暫時放下了扎夫特士兵的身份，以個人意志決定掩護煌。然後自由鋼彈與正義鋼彈以絕佳的合作默契漸漸將三架鋼彈逼得無法招架。同一時候，在淤能碁呂島近海，地球聯合軍展開了大攻勢，以多得嚇人的量產型MS「攻擊鋼彈」來進攻歐普。煌、阿斯蘭的奮戰雖然擊退了聯合軍，可是歐普軍已經受到了幾近毀滅性的打擊。彼此都以為對方被自己殺死的煌與阿斯蘭再度重逢，兩人過去的感情又回來了。但是，煌還是詢問了阿斯蘭的真正心意，而卡佳里則煩惱的不知所以然，而此時，迪安卡也發現了米蕾莉亞在自己心中的份量。
第40話「飛向黎明的宇宙」
歐普數度嘗試與地球聯合交涉，但是地球聯合的要求只有一個：要歐普解除武裝。在再度展開總攻擊的情況中，煌與阿斯蘭互相表白自己的心意，化解了誤會，同時阿斯蘭也開始詢問自己，戰爭的意義為何。而，以禁斷、瘟神、侵略鋼彈為首的地球軍MS部隊，開進了歐普的大地，幾乎覆蓋了整個淤能碁呂海岸線。在這情況下，烏茲米.那拉.阿斯哈放棄淤能碁呂島，要求國民與大天使號脫離該地，自己則留在國內，決意戰鬥到底。為了將煌等人發射上宇宙，質量投射裝置展開了發射準備。好像早就瞄準好這機會一樣，在煌等人的面前，有三架鋼彈阻擋了他們的去路。同時，決定留在國內捍衛和平致死的烏茲米，告訴了卡加里她與煌是兄妹衝擊性事實。最後，尾隨著大天使號的腳步，歐普新型出雲級戰艦「草薙號」，載著不斷哭泣的卡佳里，飛向黎明的宇宙...而堅信和平理念到底的烏茲米，也隨著「輝夜」的自爆一起消逝在火海中...
第41話「撼動的世界」
草薙號與大天使號飛上了宇宙。草薙號接舷完畢，船員們為了補給與整備，航向因戰亂而化成廢墟的L4殖民地。此時，拉克絲在殖民地以全體市民為對象做地下廣播，秘密進行反抗活動。其影響力連薩拉議長也大感棘手，派出搜捕的憲兵也全都無功折返。在大天使號中，卡佳里將烏茲米交給她的兄妹合照給煌看。另一方面在地球，地球軍雖然奪取歐普的質量投射裝置不成，卻也搶回了維多利亞基地，成功拿下進出宇宙的途徑。地球軍在打敗扎夫特MS部隊後，想乘勢收回宇宙，以新型MS部隊為主力，用質量投射裝置將物資發射上空，想要展開大規模侵略行動。阿茲萊爾總合手上三架鋼彈的戰鬥記錄，察覺到自由與正義鋼彈使用的動力之秘密，企圖得到這兩架鋼彈。此外，阿斯蘭下定決心，為了解父親的真意，離開了大天使號，獨自飛返殖民地…。
第42話「拉克絲出擊」
為了了解自己的父親，扎夫特最高評議會議長派屈克.薩拉發動戰爭的真正想法，阿斯蘭來到了殖民地。煌自願駕駛自由鋼彈護衛阿斯蘭的太空梭。阿斯蘭向煌道出了自己的覺悟。煌體會到其中的深意，在分開時說道:「不論是你、或是我，現在都還不能死」。 阿斯蘭當面詢問父親對這場戰爭的真正想法。但是，他所面對的並不是以往的父親。對於薩拉帶著瘋狂眼神道出的戰爭的目的，主張調整者為全新人類的派屈克，認為要結束戰爭除了將自然人殺光別無他法，阿斯蘭吃驚到顫抖。薩拉槍口指向自己的兒子阿斯蘭，質問正義鋼彈與自由鋼彈的下落，派人押走被當作叛徒的阿斯蘭。達哥斯塔率領拉克絲派的成員，救走了解送途中的阿斯蘭。拉克絲終於展開行動了。她奪走專門支援自由與正義鋼彈的超高速最新戰艦「永恆號」，逃離殖民地。在她的艦橋上，赫然可見過去人稱「沙漠之虎」的渥特菲德的身影。大天使號、草薙號、與永恆號在L4會合。放下過去的敵我之分，一支獨立部隊在此成立。然後，拉克絲投入煌的懷裡，宣洩自己的喪父之痛…。
第43話「大敵當前」
在地球軍的月面基地，大天使級二號艦主天使號，一直忙於戰鬥訓練。坐在艦長席的，是娜達爾.巴吉路少校。搭載侵略鋼彈、禁斷鋼彈、瘟神鋼彈的主天使號，以及觀察員阿茲萊亞，為了討伐大天使號，即將開往L4殖民地群。娜達爾對於自己必須槍口指向過去的戰友一事，受到不小的衝擊。在此同時，抵達廢棄的殖民地，孟德爾後，大天使號、草薙號、永恆號三艦正商討今後的計劃。卡佳里見阿斯蘭沒有出現，擔心的去找阿斯蘭。苦惱已久的阿斯蘭開口道出心聲：「我什麼都辦不到，什麼都不了解．．．」。卡佳理拼命的安慰阿斯蘭。此時阿斯蘭突然抱住卡佳理。阿斯蘭與卡佳理之間，迷惑與安祥的時間流逝。但是，停在孟德爾港內的大天使號還是被娜達爾發現，主天使號先發制人發動攻擊，與過去的同袍的戰爭就此開始。
第44話「螺旋的邂逅」
主天使號為了討伐大天使號而開啟了戰端，而遭受到攻擊的L4，永恆號正在調整，跟著大天使號出動的草薙號卻被漂浮物困住。三架鋼彈在煌與阿斯蘭默契十足的聯手攻擊下，落居下風。得知草薙號已脫離困境可能參戰，娜達爾判斷戰況不利，決定暫時撤離戰線。大天使號勉強脫困。另一方面，穆與迪安卡察覺扎夫特軍混入殖民地內，一同前往迎擊。駕駛新型ＭＳ出現的拉烏，與穆的命運決鬥開始了。在戰鬥中，伊薩克發現對峙的暴風鋼彈，深感困惑。伊薩克不知駕駛者正是迪安卡，不停憤怒地攻擊。拼命躲避攻擊的暴風鋼彈，一直不肯對決鬥鋼彈出手，最後終於呼叫伊薩克。伊薩克的決鬥鋼彈果然因而停止動作。兩人下了ＭＳ，氣氛極度緊繃，幸而煌及時阻止了最慘的結局。此時，拉烏與穆的激烈死鬥因為駕駛自由鋼彈趕來支援的煌而中斷，逃入一棟建築物裡面。煌與穆也跟著追入，在那裡見到衝擊性的事實真相．．．！
第45話「開啟的門扉」
煌與穆追蹤克魯澤，進入某棟建築物裡頭。殖民地孟德爾基因研究所…拉烏、穆、煌三人在這個地方展開了槍擊戰。然後，拉烏打破了緊張的沉默，道出衝擊性的事實真相。同一時刻，伊薩克與在地球失蹤的迪安卡對峙許久，迪安卡也對伊薩克說出自己對於戰爭的看法，尖銳質問的伊薩克被問的啞口無言。另一方面，在殖民地外側，強力說服了娜達爾的阿茲萊爾，指示主天使號與大天使號再度展開戰鬥。槍擊戰中，拉烏道出過去這個研究所進行的，以人工子宮生產調整者的實驗。煌的親生父母是該計劃的研究者，自己便是研究中唯一的成功例子。同時拉烏還告白自己與穆的關係。原來他是利用穆的父親的基因，製造出來的失敗的複製人。事實真相讓兩人大為震憾。拉烏大喊:「我有制裁全人類的權利!」後，匆匆逃離。 返回旗艦苻澤琉斯號的拉烏，委託俘虜芙蕾一張磁碟片，宣稱那是可以結束戰爭的最後一道門。
第46話「靈魂的地方」
大天使號與主天使號再度開戰。在二者的夾縫中，拉烏為了攻擊永恆號，命令符澤琉斯號出擊。拉烏對兩方艦隊，片面發出交還遭扎夫特軍拘束的俘虜的通告。被投射到戰鬥空域的小艇，裡面載著的是對情況一無所知的芙蕾。兩方艦隊對拉烏的行為大感困惑。芙蕾感受到危險，拼命操作小艇，向大天使號求救。芙蕾「我握有鑰匙!」這句話勾起阿茲萊爾的興趣，突然插手，將小艇帶回主天使號。另一方面，被包圍的永恆號與草薙號擊中火力攻擊符澤琉斯號，企圖突破重圍。符澤琉斯號被擊沉了。地球軍與扎夫特軍見狀，雙方同時撤退。而在安全歸返的永恆號上，煌為了自己沒有救回芙蕾一事，失聲痛哭。就在此一同時，阿茲萊爾從芙蕾手中拿到磁碟片，曉得內容是「可使用核武的反中子干擾器」資料，而大為狂喜…。
第47話「惡夢再現」
由於芙蕾帶來的一張碟片，地球聯合軍取得了反中子干擾器的技術。在阿茲萊爾的運作下，核飛彈飛上了宇宙。扎夫特預測到聯邦將發動大規模攻擊，在雅金.杜威與伯亞茲集結戰力。
然後，決戰的火苗點燃了。調解隊…搭載核彈的梅比烏斯(零式)部隊闖進了扎夫特的軍事衛星伯亞茲。剎那間，閃光迸裂開來。再度使用的核彈的火炎，瞬間就把要塞摧毀掉。目睹伯亞茲的毀滅，芙蕾對自己的作為帶來的結果生起無限悔恨。原來拉烏「讓戰爭結束掉」那句話，竟然是大屠殺。煌與阿斯蘭為了阻止核彈部隊「調解隊」再度攻擊而出動。他們以裝備的「流星」將射向殖民地的飛彈全數擊落。同時，派屈克.薩拉誓言要向自然人報仇，下令使用強大的雷射光束武器創世紀。於是雅金.杜威背後發出巨大閃光，射向地球軍的艦隊！
第48話「憤怒之日」
伽瑪射線的閃光在一瞬間殲滅了聯合軍的前線艦隊。扎夫特的秘密武器，甚至可以很輕易的瞄準地球。阿茲萊爾歇斯底里的責難地球軍。勉強從毀滅狀態中重新振作起來的聯合軍，下了悲壯的決定，向殖民地的秘密武器創世紀挑戰。但是卻打不過阻擋在前方的雅金.杜威要塞，而且殖民地的創世紀強大武器本身還裝備了PS裝甲。煌等人為了阻止雙方的殺戮戰，投入這最後的戰場。煌、拉克絲、卡佳里、與阿斯蘭，還有瑪琉與穆。在曉得這可能是此生最後告別的情況下，紛紛訴出了自己的心意給對方。而還有另一個人，決定制裁全人類的拉烏，也駕駛天帝鋼彈出擊了。最終決戰拉開序幕，殺到殖民地的地球軍，以及立誓要阻止核武攻擊的獨立軍。可惜太遲了。最終武器創世紀向地球軍的月面基地發出了第二次攻擊！
第49話「終結之光」
創世紀的第二次發射摧毀了地球聯合軍的月面基地。下個目標是地球嗎?聯合軍重組潰散的艦隊，讓調解隊再度出擊，企圖以核彈直接攻擊殖民地。煌等人在創世紀與核彈之間奮戰。激烈戰鬥中，M1異端鋼彈隊的三位卡佳里的朋友戰死。穆與拉烏也在戰鬥中受傷。但是伊薩克與迪安卡的聯手合作，總算打敗了瘟神鋼彈與禁斷鋼彈。同一時候，與大天使號戰鬥的主天使號內部，阿茲萊爾與娜達爾兩人意見不合，抓狂的阿茲萊爾對命令全員離艦的娜達爾開火，而且還發射羅安格林破壞砲。大天使號來不及閃避。在危急的剎那間，穆挺身保護大天使號，壯烈爆炸。眼見穆的死去，瑪琉發狂的也下令發射羅安格林破壞砲。同時娜達爾亦制伏阿茲萊爾，大喊“快動手!瑪琉.雷明斯!”。犧牲了所愛的男人的二位女性，同心協力的埋葬掉戰爭的元凶之一，藍色宇宙的盟主…。
第50話「朝向無止盡的明天」
即使付出了多人的犧牲，戰爭還是沒有結束。芙蕾離開主天使號，受到那份對煌的割捨不下的感情牽引，捲入了自由鋼彈與天帝鋼彈的死鬥中。然後，在煌的面前，被拉烏的無情之刃所殺死。在無法守護自己想守護的人的悔恨中，煌看到了芙蕾的幻影。芙蕾的靈魂終於在結束的時刻與煌融合了嗎…。另一方面，薩拉下令創世紀瞄準攻擊地球。扎夫特軍中出現了試圖停止其瘋狂行動的人士。正好在此時，阿斯蘭與卡佳理一起闖進雅金.杜威，想阻止父親的兇行。但是他們到場後，卻目擊到薩拉被士官槍殺的場面。薩拉嚥下最後一口之前，依然不停詛咒著自然人。然而他的死，並無法停止失控的事態。雅金的自爆，連帶啟動了創世紀。阿斯蘭單身闖入讓核引擎失控，摧毀整個創世紀。行動後阿斯蘭本想同歸於盡，卻被卡佳里制止，一同逃出。同一時刻，煌與拉烏在死鬥之後，兩人似乎同歸於盡。而在扎夫特方面，舊克萊因派發出停戰的呼籲，和平之路似乎已經開啟。阿斯蘭看著戰場淒涼的遺跡，內心深深感到絕望。這時候，小鳥飛向宇宙了。它飛向化成殘骸的自由鋼彈的機體。在那裡，有煌的身影…希望並沒有消失啊，煌一邊想著，而阿斯蘭與卡佳里正來迎接他，彷彿迎向和平之路....
機動戰士鋼彈《SEED DESTINY》
第一話.憤怒的瞳孔
C.E.71年6月15日
位於太平洋赤道的中立國家歐普聯合首長國遭到地球聯合軍的入侵，歐普首長烏茲米、由拉、阿斯哈為了貫徹和平的理念，與女兒卡佳里、由拉、阿斯哈及其弟煌、大和鎮守歐普。淤能碁呂島在地球軍的三架新型鋼彈與自由鋼彈的火拼之下滿目瘡痍。平民調整者真、飛鳥一家在這戰火破壞中努力想逃進難民船中。而在自由鋼彈的五門砲之下，家人在真面前慘死，血紅的瞳孔留下了憤怒的淚水、悲慟的嗚噎在戰鬥中徘徊著。
C.E.73年10月2日
地球的地球聯合軍與殖民地的札夫特軍在最後的亞金、杜威戰役之後，在曾經是調整者的悲劇之地『由尼烏斯七號』，達成了和平協議。歐普現任首長卡佳里與侍從阿歷克斯、迪路為了解決歐普在戰亂時，流失到殖民地的人力技術而來到了殖民地，而今日，正是札夫特新型宇宙艦智慧女神號的首航日。在一處，地球軍的幾名諜報人員深入一地，殺了許多作業員與士兵之後，其中三人坐上了三架MS。卡佳里在與殖民地現今最高議長杜蘭朵談話之中，發生了一起爆炸聲，在灰色的煙霧之中，聳立的是札夫特軍三架新型鋼彈─混沌鋼彈、大地鋼彈、深淵鋼彈。在突如其來的混亂之下，三架鋼彈到處破壞這個屬於軍事工廠的殖民地，即使有能夠啟動的MS也旋即被殲滅，卡佳里跟阿歷克斯只能緊急避難，面對到處都是一片滿目瘡痍的情況中，阿歷克斯只能開動了殖民地的MS薩克來保護首長，然而遭受到了三架鋼彈的圍攻，阿歷克斯也難以招架，就在緊急之時，一架戰機飛過天際，並且與三個組件組成一架MS，裡面的戰鬥駕駛正是那位曾經是歐普平民的真、飛鳥。
第二話.喚來戰爭之物
昔日的歐普平民真、飛鳥，現今成為札夫特軍的紅衣軍人─精英戰鬥駕駛，座機更是搭配智慧女神號的專屬鋼彈─脈衝鋼彈，其最大特色就是只要核心戰機沒有損毀，其身體組件、腿部組件，以及武器組件─綠色的砲擊系統、紅色的劍鬥系統以及藍色的飛影系統可以任意替換，更換其配件就是智慧女神號的獨有專利，在真與阿歷克斯的力戰之下，勉強抵擋三架鋼彈的攻擊。殖民地外，巡迴警戒的兩艘納斯卡級戰艦被地球特派艦擊沉，殖民地宇宙港更是被侵入的兩架地球軍MS破壞，使得地球軍可以以逸代勞的準備接應三架鋼彈，主導的地球軍神秘蒙面上校及其開出的伊格薩斯戰機，戰鬥的英姿跟其身影像極了某個早已不在世上的人物。殖民地內，與真同期的紅衣軍人雷、薩、巴勒路與露娜瑪麗亞、霍克總算開動了薩克魅影與薩克戰士迎擊入侵者，兩架鋼彈看苗頭不對準備撤退，駕駛大地鋼彈的史黛拉、路歇爾因被激怒而不斷反擊，駕駛深淵鋼彈的奧爾、尼德丟了一句"難道你想死嗎？"給史黛拉，聽到"死"這個字的史黛拉性情大變，逃也似的離開戰場，駕駛混沌鋼彈的史汀格、歐格雷則責備了奧爾。真與雷開始追擊打破殖民地外殼逃出的三架鋼彈，露娜瑪麗亞的座機故障而先行返艦，而阿歷克斯因為卡佳里受了傷而先行尋找議長到了智慧女神號裡面。在與智慧女神號的船員交涉當中，聽到了智慧女神號要出擊的消息，卡佳里不小心脫口叫了阿歷克斯一句"阿斯蘭"而引起露娜瑪麗亞的一陣驚疑。
第三話.預料的戰火
追擊三架鋼彈的真與雷，與尼歐上校交了手，尼歐與雷之間，彷彿有一種特殊的聯繫，使得彼此感應的到對方的存在。在與似乎身經百戰的尼歐的四個線筒型操控光束砲面前，真與雷被逼停下了腳步，智慧女神號則追了上來，要求真與雷歸艦，被札夫特稱之為"不明艦一"的地球軍戰艦，正被智慧女神號咬住尾巴不斷追擊，尼歐巧妙利用了推進器脫離擋住了智慧女神號擺脫了追擊。被智慧女神號迎為上賓的卡佳里與阿歷克斯，正跟著一起避難到船上的杜蘭朵議長參觀艦上設施，由於杜蘭朵議長不斷介紹著新型裝備，使得卡佳里對札夫特興師問罪了起來，認為今天殖民地的混亂又都是擁有過度力量所帶來的紛爭，而在此時，真則大聲怒吼了，"說好聽話真不塊是阿斯哈家的傳家本領啊"。雷緊急制止真的說話，杜蘭朵則跟卡佳里說了一句他曾經是歐普的市民，使得卡佳里一陣錯愕。不明艦一中，搶奪到鋼彈的三名戰鬥駕駛正沉睡在某個神秘的裝置中。智慧女神號終於捕捉到了不明艦一的身影開始出擊，卡佳里與阿歷克斯被迎到艦橋中，此時，早已看出阿歷克斯真實身分的議長開口叫了他一聲─阿斯蘭、薩拉。
第四話.星塵的戰場
被看出身分的阿斯蘭繼續不動身色，真與露娜瑪麗亞開始迎擊三架鋼彈，在5架MS的纏戰當中，智慧女神號掉進了不明艦一所設下的圈套，雷緊急出動，感應到了雷的尼歐也開出伊格薩斯與其纏鬥，智慧女神號被不明艦一強力追擊趨於劣勢，在危機之刻，阿斯蘭提出的戰略幫助智慧女神號扭轉劣勢，使得地球軍只得撤退。戰鬥後，三名戰鬥駕駛與露娜瑪麗亞的妹妹、負責密涅瓦的戰鬥管制CIC─美鈴、霍克一邊閒聊著關於阿斯蘭的事一邊到了休息室，在札夫特中關於阿斯蘭的傳說，就是前薩拉議長之子、以及在亞金、杜威戰役中駕駛正義鋼彈縱橫沙場的王牌機師，而剛好在休息室中的阿斯蘭剛好全聽了進去，見到阿斯蘭的露娜瑪麗亞跟阿斯蘭婀娜了他幾句，阿斯蘭則說自己是阿歷克斯，不是阿斯蘭，真見狀說了一句，"呆在歐普的傢伙什麼都不明白"。此時，殖民地偵測到了由尼烏斯七號往地球方向移動的消息。
第五話.無法癒和的傷痕
偵測到由尼烏斯七號往地球方向移動的消息很快的傳到了智慧女神號，與塔麗亞、葛拉蒂絲艦長在一起的杜蘭朵議長則迅速的下達了智慧女神號前往執行破壞任務。智慧女神號的成員當中，有些人對於由尼烏斯七號即將對於地球產生的巨大破壞不以為然，使得卡佳里非常憤怒，質問著他們究竟是不是真的想要和平，真則再度發怒的說，"堅持著自己的正義、究竟會害別人失去多少東西"，卡佳里被曾經是歐普市民的真罵的啞口無言。地球某處，聚集著一群人，似乎對於由尼烏斯七號是某種"導火線"而開始商議著某件陰謀，帶頭的人甚至還說出了"為了蔚藍純淨的宇宙而戰"這句名詞。卡佳里受到了真的委屈之後，向阿斯蘭吐露自己的痛苦，阿斯蘭則說了妳並沒有錯來撫慰卡佳里入眠。另一支札夫特的破壞隊伍也開到了由尼烏斯七號附近，領隊的正是穿上白色隊長服的伊薩克、焦耳，以及被降為綠服的迪安卡、艾斯曼，正當破壞任務執行之時，出現了大量札夫特MS基恩部隊干擾破壞任務，收到訊息的智慧女神號，在阿斯蘭要求使用MS而議長欣然允諾的情況下，開向了混亂的戰場，而有如芒刺在背般的不明艦一，也跟隨而入。
第六話.世界結束之刻
地球方面，得知了由尼烏斯七號即將落下的消息而發布了緊急避難命令，在一處冷眼看待的正是之前聚會的帶領人，吉普立爾。戰場中，不清楚狀況而插手的不明艦一部隊、神秘的基恩部隊、焦耳隊與智慧女神號部隊爆發了大混戰。之間，焦耳小隊終於成功的分裂了大半部分殘骸，但仍有一半往地球墜落，與老戰友重逢的阿斯蘭、伊薩克、迪安卡強勢壓制了基恩部隊與混沌鋼彈，其實力之堅強也讓真吃驚。不明艦一在接近空降臨界點似乎終於理解情況，三架鋼彈返航，焦耳隊也一樣。智慧女神號決定要空降地球，並且途中以陽離子破城砲繼續摧毀殘骸。仍繼續破壞殘骸的真與阿斯蘭，在基恩部隊的攻擊下遲遲無法返航，阿斯蘭與基恩的交手中，聽到了對方的意圖，"像現在這種虛偽的和平，要由我女兒的這座墳墓來證明"，這幾句話讓阿斯蘭錯愕不已，想起了主張調整者為新種族的父親，以及同樣葬身與此的母親。在基恩的拖延之下，阿斯蘭與真無法歸艦，只能直接降落地球，而智慧女神號終究無法完全破壞由尼烏斯七號。地球上，拉克絲、克萊因正帶領著一群小孩子避難，在海岸邊看著巨大火球落入大氣層的身影，是煌。
第七話.混亂的大地
在拉克絲撫平小孩子的歌聲中，巴黎、上海及希臘等世界各地遭到了墜落的由尼烏斯七號的嚴重破壞，流離失所與死傷的人數無法估計。真與阿斯蘭總算好不容易突破大氣層與智慧女神號會合，卡佳里對於歸來的阿斯蘭表達感謝之意，很高興他能減少地球的災情，真又很不高興的說了他的聽聞，說這次的犯人是調整者、是一群派屈克、薩拉的支持者，阿斯蘭則顯得很消沉。早在宇宙先行返回殖民地的議長則發表了緊急談話，並且給予地球莫大的援助。但是卻在"藍色波斯菊"的情報操作之下，基恩在由尼烏斯七號上的活動被公開，帶給地球一片騷動。阿斯蘭在真他們的槍隻訓練中，顯示了不凡的身手，真問了他，"像你這麼有實力的人，為什麼要呆在歐普？"。
第八話.命運的交叉點
在卡佳里的建議下，智慧女神號開往了歐普，前來接艦的一行人中，一位羅馬家的由拿，他對阿斯蘭冷嘲熱諷的將卡佳里拉走，讓阿斯蘭感到不悅。替智慧女神號維修管理的是化名為瑪麗亞、貝魯尼斯的前地球軍大天使號艦長瑪琉、雷明斯，兩名艦長有了短短的談話。市政府中，很明顯的以羅馬家主張與地球軍同流的親地球派佔了上風，使卡佳里形同傀儡。阿斯蘭與煌談了話，覺得在戰爭之後並沒有找到自己的答案。隔日，阿斯蘭決定要前往殖民地盡一份心力，將歐普交給卡佳里，並且在臨走之時，給了她定情的禮物。傍晚，重返故地的真，在海岸邊走到了一塊開滿花的慰靈碑，碰到了也是第一次到此地的煌，面對不認識的煌，真說了一句，"不管花開的怎麼漂亮，人們總會忘記"。另一邊，歐普行政府中，地球軍傳來了與上次交戰中相同的牒文。
第九話.傲慢的獠牙
卡佳里面對地球人民共同的憤怒，顯得不知所措。在飽受創傷的大地上，米蕾莉亞、哈烏正身為記者拍照記錄著。面對地球軍的進逼，殖民地也下達了紅色警戒，就在此時，地球軍居然以核彈向殖民地進行突襲，負責防守的伊薩克嚇了一大跳，幸虧殖民地早有預防，以新型磁共振設備化解了危機，聽到此消息的幕後黑手吉普立爾非常躁怒。回到了殖民地的阿斯蘭正在等著與議長談話，但出現在他面前的，居然是應該待在歐普的拉克絲。
第十話.父親的咒縛
阿斯蘭接見了議長之後，聽到了戰爭的消息非常驚訝，但是對於出現在殖民地安撫民眾的假拉克絲表達懷疑，但議長卻說他需要她的力量，就像需要阿斯蘭的力量一樣。其後，議長帶領他前往看查要贈予他的座機─救星鋼彈，說要有力量，才能保護重要的事物。晚上，阿斯蘭與假拉克絲─米亞、坎貝爾共進晚餐，阿斯蘭詢問米亞的意思，米亞說，她想要為殖民地盡一份心，代替不在的拉克絲，她也能做一些事，此些話，給阿斯蘭帶來很大的動搖。
第十一話.選擇的道路
議長以"行使自衛權"為由，進行大量增援地球札夫特軍隊的方案。與迪安卡一起被調往接洽阿斯蘭的伊薩克見到阿斯蘭就非常不高興，說是要戰爭了居然給他閒差，但是卻跟迪安卡一樣很高興見到老朋友，三人前往掃尼可的墓時，伊薩克跟阿斯蘭說了議長給他們的幫助，並要求阿斯蘭回到札夫特。此時的歐普，飽受壓力的卡佳里被逼與地球軍結了盟，真見狀又非常不悅，丟了一句，"這次就由我來消滅這個國家"，完全忘了自己跟卡佳里說過的遭遇。同時間，也是住在歐普的沙漠之虎─安迪、渥特菲德緊急給了智慧女神號快點離港的訊息。
第十二話.被血染紅的大海
緊急離港的智慧女神號，被埋伏的地球軍偷襲，面對數量龐大的地球軍，智慧女神號也被已在歐普領海戒備的歐普軍艦逼的退無可退，遇到了這樣的危機，在地球軍新型MA的強力攻擊下，智慧女神號岌岌可危，此時，在忍無可忍的情況下，憤怒到極點的真，達到了精神爆發的臨界點，以一人之力，掃平了地球軍艦隊。在殖民地，阿斯蘭接受了札夫特軍人最高榮譽"忠誠者"的徽章，並開啟救星鋼彈前往地球。
第十三話.復活的羽翼
面對真的活躍，智慧女神號一片歡騰，副艦長亞瑟、特萊恩說了一句議長真不塊是破解DNA的專家，塔麗亞也說終於明白為什麼脈衝鋼彈是交給真而不是雷。此時的卡佳里，被親地球派的由拿逼婚。在馬爾奇歐導師的家中，安迪、瑪琉、拉克絲、煌與其母雁田和一群孤兒生活著，某晚，一群調整者的武裝部隊潛入暗殺，目標很明顯是拉克絲。眾人逃進防空洞之後又被MS阿修攻擊。在安迪的勸告下，拉克絲打開了艙門，站在煌面前的，正是維修好的自由鋼彈。其後，煌以大魔王之姿，掃平了MS，而MS部隊則以自爆來做尾聲。
第十四話.朝明日起航
煌等人在天亮後，收到了卡佳里的字條與阿斯蘭給她的定情戒指，說明她為了歐普，決定下嫁由拿並加入地球軍。煌與瑪琉則確定卡佳里做錯了決定，並準備開啟沉睡在歐普海底的大天使號來捍衛和平之路。婚禮舉行的時候，自由鋼彈殺入，並將卡佳里綁走。大天使號也在歐普軍官特達軋上校的迴讓下，開出了領海。
第十五話.重返戰場
回到歐普準備與智慧女神號會合的阿斯蘭理所當然遭到歐普軍的攻擊，面對一片未明的情況下的阿斯蘭只能離開歐普。大天使號中，卡佳里正生氣的責備煌做錯了事，煌說了，究竟烏茲米的理念是不是正確的，卡佳里委屈的說她也無計可施了，而煌說很抱歉，從來沒替卡佳里分擔過，不過既然做錯了事，就要趕緊端正回來，卡佳里握著阿斯蘭的戒指痛哭失聲。來到卡貝塔力亞基地的阿斯蘭，聽到卡佳里結婚的消息大驚失色，但聽聞大天使號帶走卡佳里的時候放心不少。此時智慧女神號準備對於地球軍內鬨的歐亞西線做出進擊，霍克姊妹對阿斯蘭興趣大增。另一邊，早已降落地球的尼歐與其部隊也準備開向歐亞西線。
第十六話.印度洋的死鬥
歐亞西線的印度洋有許多不服從地球軍的民眾被當作奴隸使喚，因此內鬨不斷。智慧女神號與一艘潛艦前往進擊，尼歐也前往迎擊，在纏鬥中，札夫特軍除了對付水中專用機深淵鋼彈較吃力外，阿斯蘭的救星鋼彈與真的脈衝鋼彈卻壓制了尼歐的閃耀與史汀格的混沌鋼彈，並擊落許多地球軍MS，深淵鋼彈卻也將扎夫特潛艦擊沉，真與大地鋼彈展開格鬥戰。在損失殆盡的情況下，尼歐下達了撤退命令。眼見地球軍的不仁道行徑後，真憤怒的破壞了許多設施，並幫居民相聚。其後，阿斯蘭賞了他兩巴掌，跟他說，"戰爭不是英雄行徑，有力量的人要為自己的力量負責"。
第十七話.戰士的條件
在大天使號中，由於米亞在螢光幕上的表現，即使議長風評在好，經歷暗殺事件後的煌等人不相信杜蘭朵議長。智慧女神號到了蘇伊士附近的札夫特基地，準備對於鎮壓此處居民騷動的地球軍展開據點攻略。阿斯蘭與真交談了一會，喜歡真直性子的阿斯蘭，要求真好好思考自己力量的去向。
第十八話.討伐羅安格林
駐守在蘇伊士附近的地球軍，由於配給了陽電子破城砲及新型MA，使得札夫特軍屢戰不下，此時當地被壓迫的居民給了札夫特軍相當的情報，讓札夫特軍有了相當的戰略，而真因為跟線民吵了起來則不太高興出擊，卻又被阿斯蘭給趕鴨子上陣。真執行的是高難度的飛行，而且也是最重要的關鍵之一，在真成功的突破防線並摧毀羅安格林砲之後，外線夾擊的阿斯蘭等札夫特軍也成功獲得了勝利。
第十九話.看不見的真實
由於在蘇伊士地方獲得了空前的勝利，因此米亞與議長前來勞軍，阿斯蘭對於許多人發現拉克絲有點不一樣感到不安，而霍克姊妹則纏著他揶揄幾句這麼久沒跟未婚妻見面真可惜。議長與雷之間，似乎有種奇妙的關聯。議長接見智慧女神號的戰鬥駕駛之後，講出了地球軍的內鬨以及未來的信念，使得駕駛員們對他非常推崇。阿斯蘭在私底下問了關於米亞的事，議長只跟他說假使大天使號跟他有聯絡的話，務必跟他講一聲。
第二十話.PAST
真自從大天使號首次進入歐普之後，身邊的事物就開始起了動搖，地球軍在失去約書亞與巴拿馬之後，向歐普挑起了戰火，痛失家人的真，在一名叫做特達軋的歐普軍官幫助之下，移民殖民地並進入札夫特軍校，一直到今天，真永遠都不希望有戰爭，但是只憑信念，什麼都無法保護。
第二十一話.迷惘的雙瞳
露娜瑪麗亞在一大早便邀請阿斯蘭同進早餐，沒想到米亞居然在阿斯蘭房間裡，連阿斯蘭也拿米亞的纏功沒輒。駕駛員們認識了同屬忠誠者的戰鬥駕駛海涅、威斯汀福爾斯，大方沒架子的海涅很快就獲得大家的好感。阿斯蘭之後想對露娜瑪麗亞解釋米亞的事也是百口莫辯。真在下午外出時，遇上了正在海邊閒晃的史黛拉，史黛拉一不注意就從懸崖掉進海裡，真只能跳下去救她，在驚慌中的史黛拉一直掙扎著，使得真罵了一句想死啊反而引起史黛拉更大的的恐懼，弄傷了真之後的史黛拉嚷著不想死往海邊走去，勾起真痛苦的回憶，用力抱住史黛拉之後說了一句我會保護妳，史黛拉才平靜下來。在海邊洞窟烤火取暖之時，史黛拉不太會說自己的過去，讓真以為她是戰火的犧牲者。阿斯蘭趕到救援之後，史汀格與奧爾也正在尋找史黛拉，兩方人馬有了短暫的會晤。
第二十二話.蒼天之劍
地球軍以尼歐為首的艦隊要奪回黑海，連由拿率領的歐普軍隊也前來助陣，使得真非常憤怒，矢言要將他們全部殲滅。阿斯蘭則要為跟歐普交戰而感到遲疑，海涅則及時點醒他這是戰爭，他們只是軍人。米蕾莉亞也趕到現場進拍照。兩軍開時交戰之初，由於三架鋼彈並未直接投入戰場，真等人依靠主角威能確實壓迫住了聯合軍的MS，智慧女神號為了耗損敵方兵力準備使用陽離子破城砲，就在即將發射之際，自由鋼彈由天而降擊毀了湯豪舍。
第二十三話.戰火的背後
由於大天使號接獲歐普軍出擊的消息，卡佳里便要求航向戰場。現今，在兩軍交手的戰場上，卡佳里要求歐普軍撤退，然而歐普航母劍御雷神號的特達軋上校卻迅速下令攻擊插手的嫣紅攻擊鋼彈，使得卡佳里一陣錯愕，想起了烏茲米所說的話，卡佳里發覺自己犯下天大的錯誤。煌為了保護歐普軍，以及不想看到雙方死傷，便開盡金手指，一看到人就開砲，並且怎麼樣也打不死人，盡顯大魔王姿態，看的阿斯蘭目瞪口呆。尼歐一看到戰況急下，便派出三架鋼彈迎擊，然而卻被煌大魔王通通轟回姥姥家。被激怒的史黛拉，開動大地鋼彈一躍而起，被自由鋼彈打傷的海涅好死不死剛好闖進跳躍線裡，慘遭胸斬。
第二十四話.交錯的視線
痛失夥伴的真等人，怎樣也不認為大天使號是為了和平才來到戰場上的。為了查明大天使號的意圖，阿斯蘭要求前往與大天使號會話，塔麗亞艦長便答應了，但卻派出了露娜瑪麗亞監視。阿斯蘭在尋找大天使號的消息中，碰上了有連絡大天使號方法的米蕾莉亞，米蕾莉亞便幫他連絡了煌與卡佳里。與煌跟卡佳里見了面的阿斯蘭，生氣的責備卡佳里太笨，要她別再做跑到戰場上的傻事，也對煌發了一陣火，說因為他出現了不必要的犧牲，煌則對議長說出不信任的話，並說了拉克絲被暗殺的事情，使得阿斯蘭非常驚訝，對於議長提高了警戒。另一方面，真與雷前往調查地球軍遺留下來的神秘設施，雷到了設施之後表現出一付驚恐的模樣，使得真只能聯絡智慧女神號前往支援。
第二十五話.罪惡的所在
阿斯蘭在與煌談話之後，要求他們回到歐普去掌握政權、擺平條約才是真的，就算手染再多血腥，也無法趕變現況，而煌也說不想再殺人。阿斯蘭在對卡佳里依依不捨之下還是先走了。智慧女神號趕到了真那邊，在設施裡發現了許多屍體，並且調查了之後發現這是地球軍為了對付基因改造後的調整者，以藥物方式製造的強化人生產中心，名單上，清晰可見當年駕駛侵略鋼彈、禁斷鋼彈與瘟神鋼彈的戰鬥駕駛名字。得知了札夫特開始調查設施的地球軍，在談話中被史黛拉聽了進去，當她問起羅德尼亞的實驗室被札夫特軍佔領時，奧爾的反應非常激烈，當說出"媽媽"一詞時，奧爾變得跟聽到"死"一詞的史黛拉一樣慌亂，史黛拉看到了奧爾的反應之後，開啟大地鋼彈前往研究設施。探查到大地鋼彈單機前來的智慧女神號，決定要生擒大地鋼彈，在救星鋼彈與脈衝鋼彈的聯手下，將大地鋼彈的駕駛艙打出了裂痕，真從螢幕上看到裡面的戰鬥駕駛，正是他那天在海邊認識的女孩史黛拉。
第二十六話.約定
發現了史黛拉是大地鋼彈的駕駛員之後，真不顧一切的將史黛拉帶回智慧女神號上治療，因此遭到艦長的責備，調查之後，更發現史黛拉是之前設施的強化人之一，真相令真大為震驚，而被消去記憶的史黛拉，面對真一付凶狠的模樣，使得真非常憂傷。之後，沒接受特殊設備睡眠的史黛拉，恢復了對真的記憶。另一邊，拉克絲決定要回宇宙一趟，在藉機搶了米亞的專機之後，準備回到殖民地，卻被札夫特中途進行攔截，幸虧煌前來護送，才平安無事，在煌的護送下，拉克絲安全的升天。
第二十七話.無法傳達的想法
露娜瑪麗亞將跟蹤阿斯蘭的報告交給塔麗亞，雖然露娜瑪麗亞聽到許多奇怪的事感到懷疑，但也不便完整報告。得知了拉克絲回到宇宙的議長，派遣大量人力進行搜捕。此時，由於沒有接受設備控制的史黛拉逐漸出現了身體不適的症狀，使得真不知所措。而大天使號這，米蕾莉亞重回大天使號擔任CIC。另一方面，歐普與地球聯合軍再度對智慧女神號發動了攻勢。
第二十八話.消逝的性命、留下的性命
當戰端再起時，歐普與地球軍的MS在主角威能的情況下一一被擊落，智慧女神號受到了遠比之前更強大的攻勢襲擊，在千鈞一髮之際，煌大魔王再度登場，而卡佳里則再度出場要求歐普撤退，阿斯蘭被他們嚇的合不攏嘴。當卡佳里開始闡揚沒有理念、軍隊的存在意義為何的時候，真對卡佳里的怨恨到了極限，"妳為什麼只會說漂亮話"，並向嫣紅攻擊鋼彈開火，自由鋼彈見狀向脈衝鋼彈發動攻勢，一擊未中的大魔王非常吃驚，真怒吼著，"你也一樣"，達到了精神爆發的臨界點，跟自由鋼彈纏鬥了起來。歐普軍仍然繼續攻擊智慧女神號，卡佳里見狀想阻止，卻被士兵說的話震住，"現在的歐普最高領導人是由拿、羅馬，我們是軍人，必須聽從長官的命令，由拿、羅馬的意志，就是歐普的意志"，並把卡佳里撞開，繼續向智慧女神號發動攻勢。混沌鋼彈被擊傷返回母艦，露娜瑪麗亞受了重傷、雷的機體被損毀，深淵鋼彈跟脈衝鋼彈纏了上來，阿斯蘭則一直追著自由鋼彈跑。就在此時，憤怒狀態的真將深淵鋼彈擊殺，開始向歐普艦隊進攻，進攻智慧女神號的村雨部隊，以自殺攻擊方法撞上智慧女神號，"以我們的死，來證明歐普的意志"，智慧女神號遭受重創。真像上次在歐普外海掃平地球軍艦隊一般的開始清光歐普軍艦，卡佳里無能為力只能一直哭泣，而煌大魔王則對一直追著自己跑的救星鋼彈不耐煩，說了一句我要向你開槍便將自己的好朋友削成了人棍。真在不知情的情況下，將有恩於自己的特達軋上校劈爆。
第二十九話.FATES
往事歷歷在目，因此才有走向未來的動力。
第三十話.剎那的幻夢
在戰鬥之後，先前被特達軋上校命令離艦的歐普士兵上了大天使號，組成流浪軍團。被好朋友削成人棍的阿斯蘭在房間消沉，走到外面還被真奚落了一番。眼看著史黛拉無法繼續撐下去的真，決定要將史黛拉送回地球軍那，中途雷還幫了他，真開出脈衝鋼彈，並使用大地鋼彈的識別信號向地球軍發送，尼歐決定獨自一人前往查看。真在將史黛拉交給尼歐時，要求他不能讓史黛拉再上戰場，尼歐答應了。
第三十一話.沒有光明的夜晚
送史黛拉回地球軍之後，真回到智慧女神號上馬上被拘禁，塔麗亞責問他說他要做什麼，他說與其讓札夫特軍隊把史黛拉死後研究她的屍體，他寧願要她活下去。阿斯蘭探望同時被拘禁的雷與真，並詢問真的意思，真說，他只想保護她。大天使號中，卡佳里再度對歐普士兵做出保證，說她一定要貫徹自己的理念建立和平之國。煌與瑪琉聊到了保護的心意。回到地球軍接受完治療的史黛拉，被尼歐再度以"保護"為名騙上了戰場，駕駛的正是新型地球軍MS毀滅鋼彈。此時，由於議長的特赦令得以釋放的真越發越驕傲，對阿斯蘭大放厥詞。毀滅鋼彈開始在歐洲札夫特領地開始進行破壞，接到消息的大天使號立即啟航。
第三十二話.史黛拉
在吉普立爾的決定下，要將歸屬於札夫特的國家全部消滅掉。毀滅鋼彈在歐洲毀滅了五個札夫特軍城市之後，大天使號趕到了，煌大魔王即使金手指全開的再厲害還是打不過毀滅鋼彈，此時，歐普三人組發威，擊落了混沌鋼彈，智慧女神號也趕到現場時，得意忘形的真很快就把毀滅鋼彈砍出裂縫，看到這情況的尼歐緊急制止真的攻擊，跟他說裡面是史黛拉，真被嚇傻了。煌大魔王利用大家都在發呆，繼續向被砍出縫的駕駛艙開砲，看到這情況的尼歐立刻向自由鋼彈挑戰，結果兩槍就被解決墜毀。脈衝鋼彈無懼的向毀滅鋼彈靠近，史黛拉也發現是真而停止攻擊，但是自由鋼彈一靠近史黛拉又抓狂了，就在脈衝鋼彈發愣時，煌大魔王以兩把光劍幹掉了史黛拉。另一邊，瑪琉下艦查看墜毀的尼歐，發現在面具底下的尼歐，跟早已陣亡的愛人穆、拉、福拉卡長的一模一樣。
第三十三話.眼前的世界
真將史黛拉的遺體沉入湖中，他心中又再度塞滿了失去的滋味，對於自由鋼彈的憤怒攀升到了最高點。真與雷一起商量對付自由鋼彈的對策時，阿斯蘭見狀大驚，並質問他們，他們則不以所然的說要幹掉他，讓阿斯蘭氣的半死。尼歐在大天使號甦醒了過來，一吐一言間像極了穆，讓瑪琉痛哭失聲。阿斯蘭跟露娜瑪麗亞聊起了真。此時議長突然向世界各地發布了關於毀滅鋼彈的破壞，以及戰爭的幕後的主使者LOGOS的報導，使得民心攀升到了最高點。
第三十四話.惡夢
智慧女神號被下令排除不良份子大天使號，真與煌大魔王展開激戰，真以報仇不怕死的心態與脈衝鋼彈不怕零件損毀的特性拼死攻擊，使得自由鋼彈沒有機會打開五門砲應付，光束槍更被射爆，大天使號因無心戀戰拼命逃往海裡。在最後智慧女神號的湯豪舍擊中海面的爆炸聲中，福利蛋被真捅爆。
第三十五話.混沌的前方
幹掉自由鋼彈的真凱旋歸來，面對怒氣沖沖的阿斯蘭，真明知自由鋼彈的戰鬥駕駛是阿斯蘭的好朋友，卻又把不能比較的東西要求阿斯蘭選擇，使得阿斯蘭揍了他一拳。自由鋼彈即使被桶爆，福田力場還是守住了駕駛艙，煌被卡佳里接回大天使號進行治療，而同樣與煌待在醫療室的尼歐，與大家有了不少的談話。此時，地球各地發生騷動，LOGOS的成員被暴民們紛紛擊斃。議長再度與阿斯蘭跟真見面，並帶領他們前往查看新的MS─命運鋼彈與傳說鋼彈。
第三十六話.阿斯蘭脫逃
看到新機體的真非常喜悅，阿斯蘭則尖銳的詢問為什麼又要做出新的武器，議長卻撫其鋒的避重就輕。這時候，大批被議長感動的地球軍前往投效札夫特，其中之一的身影還是卡佳里席日護衛奇薩卡。雷與議長之後討論認為，阿斯蘭已不適合繼續利用，便下令逮捕。偷聽到的米亞趕緊告訴阿斯蘭，要他趕快對議長表達忠誠，而阿斯蘭則因為拉克絲被暗殺、討伐大天使號、公佈LOGOS以及新型鋼彈等事已不信任議長，決定離開札夫特了，因此要米亞跟他一起走，米亞卻不知何時開始認為自己很重要，只想繼續當拉克絲了，在屢勸不聽之下，阿斯蘭只好咬牙自行離開。得到美鈴的幫助，阿斯蘭避開了搜捕人員，並且由美鈴帶領逃到了格納庫偷了MS，此時雷卻發現了他們，在不得已拖累美鈴的情況下，阿斯蘭帶美鈴坐上了古夫開始逃脫。
第三十七話.雷鳴的闇夜
接到雷消息要出擊的真趕到錯愕，而雷說追擊的人是阿斯蘭，更讓真感到訝異不已，真開命運鋼彈與雷開傳說鋼彈追上阿斯蘭之後，真詢問阿斯蘭的本意，阿斯蘭說議長現在看起來是很好，但之後所有對於議長是異己者都會被消滅掉，真不明所理，而雷在旁邊慫恿真說議長所選的道路才是正確的。雖然真嘴上不說，但其實是非常敬愛阿斯蘭的，幾經掙扎之後，飽受戰爭傷害的真選擇了眼前唯一一條所能見到的和平道路，擊落了阿斯蘭。真與雷離開戰場之後，前來觀看騷動的奇薩卡救起了阿斯蘭與美鈴，並前往歐普。大天使號此時也回到了歐普。在議長與雷的一搭一唱之下，真以為阿斯蘭是被LOGOS騙走的間諜。由於美鈴是幫助阿斯蘭的逃脫者，所以露娜瑪麗亞也被抓去詢問，對於同是失去最親的親人的露娜瑪麗亞，真對她說了聲抱歉，露娜瑪麗亞倒哭在真的懷中。聚集了大批戰鬥部隊的議長，決定向LOGOS根據地HEAVEN’S BASE進行攻擊。
第三十八話.新的旗幟
脈衝鋼彈轉由露娜瑪麗亞開，而露娜瑪麗亞也以為阿斯蘭是被LOGOS騙走的，美鈴則是阿斯蘭害死的。真吻了她，並矢言保護她。在最後投降時限三小時前，HEAVEN’S BASE展開了總突擊，其中聳立的五架巨大MS，正是鬼神般的毀滅鋼彈，其中之一的駕駛員正是前不久被擊落的混沌鋼彈戰鬥駕駛，史汀格。一時之間，在前方打頭陣投降於札夫特的地球軍全部毀滅，而札夫特的宇宙空降師更被地球軍準備的對空掃射砲Nienlungen全部摧毀，見狀大怒的真勇猛的宰了史汀格的毀滅鋼彈，並在與露娜瑪麗亞、雷的配合之下，怒濤似的把剩餘四架毀滅鋼彈全部掃平，吉普立爾早已逃之夭夭，札夫特軍順利攻陷了HEAVEN’S BASE。阿斯蘭此時也在大天使號幽幽轉醒。
第三十九話.天空的閃光
拉克絲在孟德爾似乎發現了議長陰謀的蛛絲馬跡，並且準備好了新的力量。此時阿斯蘭與卡佳里再度有了談話。另一方面，失去了自由鋼彈的煌大魔王非常不安，大天使號更接到了永恆號的緊急連絡說被札夫特軍襲擊，擔心拉克絲的阿斯蘭隨即叫尼歐傳訊給煌要他上宇宙，尼歐似乎相當了解大天使號的傳訊密碼。接到消息的煌立刻開出裝上特殊配備的嫣紅攻擊鋼彈直上宇宙，在安迪的新大地鋼彈奮戰下永恆號苦苦支撐著，上到了宇宙的大魔王不但使出高超連射技巧打壞MS，但失去機體威能的大魔王還是被打進永恆號裡，在一陣大和夫妻肉麻作嘔的重逢之後，煌大魔王再度吃了一次母雞王老婆的軟飯，得到了裝配了超越痣疣五門砲、加上8翼龍騎兵系統的攻擊自由鋼彈。在西川大大的配樂以及肥田夫妻精心設定的魔王威能下，超過40架MS以及4艘那斯卡級戰鑑全被大魔王給踩扁。
第四十話.黃金的意志
議長接到密報確定吉普立爾逃進了歐普，在札夫特軍質詢下歐普代表由拿仍是屁話一堆，因此札夫特軍立刻進攻歐普。卡佳里為了保護歐普準備投入戰場，奇薩卡及愛麗卡、西蒙斯帶領她拿取烏茲米留給她的黃金色MS，拂曉鋼彈。得到了烏茲米留下的新MS，卡佳里率領建御雷神號的村雨部隊守護歐普，並迅速重新掌握了在歐普的實權，下令把羅馬一家逮捕。進攻受阻的札夫特軍不斷加派兵力，此時智慧女神號也開到了戰場，在一陣遲疑後，真毅然決定親手解決歐普，開出命運鋼彈，並且與卡佳里在天空中發生激烈衝突！
故事中的主角機體
大天使號
Gat X-105 Strike Gundam 攻擊鋼彈
故事開始時唯一僥倖沒被zaft軍偷走的Gat X-number的最後一機，其開發背景為地球連合軍向部份奧布官員施壓而開發的最新形MS之一，設有PS裝甲，能使一般實彈系武器無效化。
地球連合
Gat X-303 Aegis Gundam 神盾鋼彈
原意作為地球連合軍的Gat X-number系列機體首五機中的指揮官用機的神盾，使用以「詭異」來形容的X-300形frame(骨架)，因此得到X-number另外四機所沒有的變形系統，可變成巡航/攻擊的MA形態。同時亦因為為指揮官機，步槍的口徑、武器的強度也不容忽視。
ZAFT
Blitz Gundam 電擊鋼彈
在X-number五機中行動最快捷，最適合近戰用的機體。其隱密性極高，除了使用了PS裝甲外，還使用了「海市蜃樓系統」，能使到機體和四周的環境同化，甚至電達、熱能探測等也失去其反應。然而，其海市蜃樓系統的缺點是要付出不能使用PS裝甲的代價。
ZAFT
Buster Gundam 暴風鋼彈
地球連合軍開發的Gat X-number五機中，唯一一部主要用作中至長距離的攻擊用形為主之重火力形高達。相對其他4機，有著極高的火力，什至其左手的rifle相比當時普通的地球軍戰艦主炮還更厲害。在火力上有壓倒性的優勢。
ZAFT
Gat X-102 Duel Gundam 決鬥鋼彈
Gat系統的原點，就正正是決鬥高達。無論同為100frame的暴風和突擊也好，均是由這機體出發。在未加上Assault Shorud強襲 裹屍布前的裝備幾乎和Strike(攻擊鋼彈)一樣，加上後令決鬥成為一架獨當一面的機體。雖然不包括Assault Shorud時，Duel的火力也比Strike強，但同時可換性卻比Strike來得低。
大天使號
ZGMF X -10A Freedom Gundam 自由鋼彈
ZGMF系統中的最新銳機之一的自由高達，和正義高達為同期開發的機體。同為zaft為和地球連合軍最終決戰時投入使用的機體之一。最大的特徵為新技術「中子干擾消除器」，令核能再次套用於MS身上。運用引擎的它，令到PS裝甲能無限使用，能源有如無限般，令駕駛員不用擔心過份使用能源的問題，移動時間為所有機體之冠。同時亦套用了最新型的OS。
ZAFT
ZGMF -09A Justice Gundam 正義鋼彈
ZGMF系統中的最新銳機之一的正義高達，和自由高達為同期開發的機體。同為zaft為和地球連合軍最終決戰時投入使用的機體之一。最大的特徵為新技術「中子干擾消失器」，令核能再次套用於MS身上。運用引擎的它，令到PS裝甲能無限使用，能源有如無限般，令駕駛員不用擔心過份使用能源的問題，移動時間為所有機體之冠。其設計套用了奪取了的四部Gat-X number的資料所製作而成的機體。
ZAFT
Providence Gundam 天帝鋼彈
Seed的最後首腦機，由拉爾．路．葛倫傑所架駛的天意高達，火力極重。更是由ZAFT的三大MS開發社合力製成。武器有頭部火神炮，大形光束步槍，內藏大形光束軍刀及機槍的 複合兵裝防盾系統 ，以及包含了二連裝浮游炮x8及大網浮游炮x3的Dragoon System 。外貌頗像Z高達內的高達MK2(泰坦斯版)，但性能卻高多了。雖然浮游炮相比以往故事中的更大形，但是靈活度卻不會吃虧
ZAFT
ZGMF-X42S Destiny Gundam 命運鋼彈
CE73年，在極?混亂的形勢當中，ZAFT?了打上與地球聯合軍的戰爭的終止符而開發了最新MS也就是“ZGMF-X42S命運鋼彈”。ZGMF-X42S命運鋼彈是和衝脈鋼彈等一樣歸類?“Second Stage”的機體，與衝脈鋼彈通過換裝意圖對應所有戰局所相對，命運鋼彈是基於一開始就搭載能對應對全部狀況的裝備這樣的構思，但擁有遙遙淩駕于在尤利烏斯條約後開發的Zaku Warrior等“新千禧年系列”和衝脈鋼彈、救世主鋼彈等“新世代系列”的機體性能。其中一個理由是，本機搭載的新型的動力機關“Hyper Duetrion” 。這個機關將以前型的Duetrion和核動力混合，推進器全開時的機動性能也驚人地提高。特徵性的機體武裝是掌心的稱?“MMI-X340 掌中槍”的光束炮。正如“掌中槍”字面所表示一樣，從手中發出的光束，擁有一擊破壞戰艦級這?恐怖的威力。還有，手甲部裝備了光束盾發生裝置“MX2351 隔絕光”。除此以外背部還裝備了大型光束劍“MMI-714 阿隆戴特” 和“M2000GX 高能量長射程光束炮”，無論戰鬥距離如何均可發出強力的攻擊。並且作?最大的特徵，將背部的翼大幅度展開能放出“光之翼（Beam Wing）”，高速機動時可以形成光學殘象。這個殘象，是通過用散佈的幻象化粒子在空間上形成自機的立體像來實現的。搭載尤利烏斯條約的限制事項也就是核動力和幻象化粒子，可以說表明了條約實際上已經化?白紙了。但是，ZAFT?了隱匿這搭載新型動力，型號不使用特別的編號，採用了分配成概念編號中缺號的“4”的形式，意圖讓人認?與前面的機體一樣。再且，機體開發據說與雖然身?遺傳工學的權威，但是向全世界的人們表明要打倒地球軍和Logos的PLANT最高評議會杜蘭朵議長有關，但是真相不明。並且命運鋼彈，其隱藏的力量寄託著調整者未來的基石，被給予了的王牌，真•飛鳥……。據說機體根據真的特性進行了調整。如同其名，是背負了調整者的“命運”的機體。
ZGMF-X666S Legend Gundam 傳說鋼彈
繼承上一次大戰末期如同鬼神般戰鬥的MS“天帝鋼彈”的機體。和命運鋼彈同時期開發的MS，因?量子介面（interface）的改良，搭載了即使沒有穆和克魯澤一樣的特殊能力的駕駛員也能操作的新的龍騎兵系統（但是在大氣層內不能使用龍騎兵的無線誘導）。即使如此，裝備了多個操作難度高，可以遠距離操縱攻擊的龍騎兵，是挑選駕駛員的機體。原本是將交付給阿斯蘭•薩拉，不過他的逃脫時候，追擊的雷搭乘本機體。之後，本機實際上成?他的搭乘機。
ZGMF-X56S Impulse Gundam 脈衝鋼彈
CE72年3月10日，PLANT與連合間締結停戰條約（俗稱尤利烏斯條約）後ZAFT開發的被稱?“Second Stage”的新MS群的其中一機，就是脈衝鋼彈。這個條約的其中一個條款 “禁止N Jammer Canceler在MS和軍事方面的使用”對雙方軍部，特別是自由鋼彈、正義鋼彈以後將核動力MS的量?作?前提的ZAFT設計團體帶來了巨大的影響。?了解決這個問題，該設計局將當時還是試驗中的能源供給系統“??????????供電系統”（cnmsl翻譯：氣核光束送電系統）實用化並採用。這是將來自外部的動力爐的電力轉換成指向性強的光束傳送到機體的裝置。只要母艦存在能源耗盡就不復存在了(基本來說)。因?這個的緣故，PS裝甲必須維持很大的能源供給這個最大的缺點被消除了。搭載這個系統，是5架“次世代”MS共通的特徵。
本機X56S考慮到機體的擴張性，由3個單元構成。核心是被稱作YFX-M56 Core Splendor的戰鬥機。
Core Splendor搭載了變形機構，能變形成獨立型的駕駛艙單元。以其?核心，和作?上半身的Chest Flyer，以及作?下半身的Leg Flyer合?一體構成這個MS。
X56S是以富有泛用性?基本的機體，基本武裝是腰兩側裝甲裏裝備著的對裝甲小刀“M71-AAK 折疊短刀（Folding Razor）”。
本機的最大特徵是擁有名?“Silhouette系統（魅影系統）”的武裝換裝機構。最大限度地活用這個機構的話 X56S能按照各種各樣的戰局，瞬間使戰術與之對應。
基本準備的Silhouette有3種。以高速戰鬥、高機動型、光束兵裝?基調的“Force Silhouette”，裝備了對艦鐳射刀“石中劍（Excalibur）”和光束迴旋鏢的接近戰鬥型“Sword Silhouette”，裝備了大型光束炮和導彈發射器、磁軌炮、光束標槍的長距離炮擊型“Blast Silhouette”。
特別是安裝了Sword和Blast時機體的VPS裝甲（改良自PS的VPS裝甲的雛形使用在Strike Rouge，一般認?是使用了停戰時從奧布流出的技術）的特性變化，Sword變成紅色，Blast以深綠色作?基調的色彩配合是各自的特徵。
本機成?了相比雙方原有的MS而言大幅度進化的機體，也是解決了尤利烏斯條約中的另一條重要規定的『MS的擁有機數的限制』的機體（單機擁有過往的MS的戰鬥力的數倍）。與作?正式駕駛員的真•飛鳥一起成?了最新的戰艦“智慧女神號”所屬的本機，展開與3架鋼彈激烈的戰鬥。其後戰果豐碩。現在成?了失去Zaku Warrior的露娜瑪利亞的搭乘機。
ZGMF-X23S Saviour Gundam 救世主鋼彈
是採用了最新送電系統的ZAFT最新銳機。
ZAFT在尤利烏斯條約締結後基於新的設計思想開發的MS群是“Second Stage（新世代）”。“ZGMF-X23S救世主鋼彈”雖然也是屬於這個範疇的機體，不過比起衝脈鋼彈、混沌鋼彈、蓋亞鋼彈、深淵鋼彈，因?諸多原因開發要遲一些。 可是因禍得福，避免了在軍械庫1號的Phantom pain的鋼彈搶奪的意外之災禍。 救世主鋼彈和混沌鋼彈一樣，是同樣在型號上擁有“2”的飛行器系統的機體，只要看到接著的開發號碼“3”，就能推測出在完成的5機之中屬於在初期設計的。（這也可以認?是因?如此在開發階段?生了某些問題）雖然這個機體也有著變形成MA的變形機構，不過比起其他的4機，搭載的其他特殊兵裝比較少。可是，反過來說，說不定因?機體本身的性能相當高，所以是一台挑駕駛員的MS。並且ZAFT把非同尋常的期待押在這個MS群的活躍上，證據是衝脈鋼彈和救世主鋼彈（說不定如果其他的3機沒有被搶奪，也會變成這樣）都是由PLANT最高評議會杜蘭朵議長直接選出駕駛員，被間接或者直接地置於自己的影響之下。 向疾馳的紅色機體發誓忠誠的阿斯蘭•薩拉，能成?混亂的世界的救星嗎？
本機在克裏特島之戰中，被擁有壓倒性優勢的煌的自由鋼彈嚴重破壞。
等斬擊武器相比，是給人強烈的粗暴感的打擊兵器。根據狀況的不同還可以將其扔向敵人。通常收納在盾牌內。
地球聯合
GFAS-X1 毀滅鋼彈
地球聯合軍開發的巨型可變形MS，毀滅鋼彈。加進了之前開發的MS、大型MA的經驗技術，全身配備了各式各樣的武器，也裝備了能讓光束武器無效化的陽電子反射器，擁有把一個城市輕易毀滅的能力，可以說是已經超過了戰術的戰略級的[殺戮（Genocide：種族滅絕之意）機械]。首戰投入柏林，之後在Heaven's Base和月面基地也投入了多台。
ZGMF-X88S Gaia Gundam 蓋亞鋼彈
本機?與衝脈鋼彈、混沌鋼彈、深淵鋼彈、救世主鋼彈一起由ZAFT軍開發的最新銳MS“Second Stage ”的其中一架。“X88”的“8”表示“4腳”系。
在L4 PLANT“軍械庫一號”被地球軍特殊部隊“Phantom pain”的成員、史黛拉•路歇奪取，以後成?其搭乘機。
?解決來自于尤利烏斯條約締結後對MS開發的瓶頸（?????建議對雙方擁有的MS數目的限制），可以說是ZAFT設計局作出的其中一個回答是“開發單機就擁有多種機能的MS”，基本就是兼有“通用性(MS)”和在特殊環境下的“特化性(MA)”的“Second Stage ”。
蓋亞鋼彈也可稱作是在上一次大戰中，在非洲戰線取得了很大的成果（雖然有在攻擊鋼彈面前慘敗的經驗，但是在蘇伊士攻防戰中首次參戰就毀滅了歐亞軍大坦克隊毀滅以及各戰線，其有用性被確實地證明瞭）的四足獸型MS“TMF/A-802 BuCUE”的支流的機體。
本機在羅德尼亞研究所附近，被衝脈鋼彈擊傷後，由ZAFT回收。
ZGMF-X24S Chaos Gundam 混沌鋼彈
ZGMF-X24S 混沌鋼彈是ZAFT軍締結尤利烏斯條約後開發的被稱?“Second Stage”的MS群裏面的1架。
同時設計了5架機體的這個系列是包含了大量實驗要素的機體，X24S也採用了改良了的MA變形機構和改良自龍騎兵系統的機動兵裝莢倉等。
還有，制式編號X24S的“X”表示著實驗機體，“2”是飛行器系，“4”是開發編號，“S”是“Second Stage”。
Chaos寓意是在將會來臨的調整者和自然人的最後戰爭中超脫“混沌”的戰局，引導ZAFT走向勝利的MS。
但是在C.E.73.10.2，在正式配置之前，軍械庫1號遭到地球群特殊部隊的奇襲，本機與蓋亞鋼彈，深淵鋼彈一起被奪走了。
以後，成?了史汀格•歐格雷的座機的混沌鋼彈，一次次地使ZAFT軍陷入困境，從宇宙到地球，一邊改變決戰的舞臺一邊與衝脈鋼彈展開激烈的搏鬥。
ZGMF-X31S Abyss Gundam 深淵鋼彈
由ZAFT軍、與衝脈鋼彈、混沌鋼彈、蓋亞鋼彈、救世主鋼彈一起開發的最新銳MS“Second Stage”的其中一架。 在L4 PLANT“軍械庫1號”被地球軍特殊部隊“Phantom pain”的奧魯·尼達搶奪，之後成?其座機。“ZGMF-X31S深淵高達”，即使在各自具有特徵性形態的“Second Stage”中也不是可以說是極?特異的存在嗎？ 兼有令人覺得過剩的光束兵器和海中戰鬥用的魚雷的機體，考慮其主戰場的話，明顯地就是預定在地球上的活動。雖然現任的PLANT最高評議會杜蘭朵議長l被認?是穩健派，不過至少MS設計團體明顯是帶著“勁”的。特別在有關高性能水中用MS開發方面，好像有著強烈的對上一次大戰後期的“第二次卡薩布蘭卡海戰”的慘痛的敗北（ZnO、GOOhN的部隊被少數的Deep Forbidden、Forbidden Blue導致陷入毀滅狀態，?此不得不放棄直布羅陀基地）的復仇的意味。並且這個想法也諷刺地借助地球軍方面之手通過犧牲了?多海上兵力而得到有力的證明。 來自深淵的魔槍靜靜地並冷徹地貫穿敵人，讓其化?水屍。
裝的4門實彈兵器。裝填了強力的炸藥，在面上破壞目標。 因此，只有在對艦船時才能發揮真正的價值，而不是對MS戰。
本機在克裏特島之戰中，被衝脈鋼彈擊破。
■攻擊自由鋼彈
因為自由鋼彈等的活躍，PLANT和地球聯合之間締結了停戰條約，結果誕生了作為國家的“PLANT”。並且自由鋼彈成為了沒有再出現在表面舞臺的“傳說”……。
“ZGMF-X20A 攻擊自由鋼彈”是由反對Gilbert Dullindal、由拉克絲•克萊茵帶領的舊克萊茵派完成的。這台機體的開發經歷沒有公開的部分很多，不過可信性比較高的情報是盜用了由ZAFT進行設計的次期Second Stage系列MS的資料（也有認為是克萊茵派的開發成員有目的地泄漏的），然後將其與在上一次大戰後在奧布修復的自由鋼彈的資料混合所誕生的就是這台攻擊自由鋼彈。因為搭載了新型發動機，擁有數倍於自由鋼彈的戰鬥能力，有著與命運鋼彈匹敵的力量。
關節的顏色變成金色是其特徵。並且這台混血機因為將原本遙遙淩駕於通常MS的自由鋼彈進一步Power Up，普通的人不可能控制得了。最後承認開發團體的決定的拉克絲，將最愛的人(煌.大和)所願再次站立在戰場之時的新的寶劍，以與他一起穿越戰火的名機“攻擊”和“自由”的名字冠名，說不定是一種“祈禱”。
■無限正義鋼彈
“ZGMF-X09A 正義鋼彈”是上一次大戰末期，變成半狂熱的信仰者、當時的ZAFT最高評議會議長帕特立克•薩拉，託付給兒子阿斯蘭的機體。可是最終阿斯蘭與“ZGMF-X10A 自由鋼彈”的基拉·大和一起與他對峙，通過在第2次 亞金•杜維 攻防戰的活躍將戰爭引導到
但是，僅僅2年，世界再次變成戰爭狀態……混亂的形勢中，新的正義鋼彈返回戰場。“ZGMF-X19A 無限正義鋼彈”。這台機體被託付給跨過各種各樣的經驗重新下定決心的戰士阿斯蘭•薩拉。再次與基拉、拉克絲一起為了使戰爭結束。
這台機體是以拉克絲•克萊茵為首領的舊克萊茵派與“ZGMF-X20A 攻擊自由鋼彈”一起開發完成的MS。開發經歷不明，不過是得到了Second Stage系列MS和舊正義鋼彈的資料的克萊茵派在隱藏在宇宙的工場完成的。
與攻擊自由鋼彈一樣，由於搭載新型發動機，擁有“ZGMF-X09A 正義鋼彈”的數倍的戰鬥力，機體性能與“ZGMF-X42S 命運鋼彈”、“ZGMF-666S 傳說鋼彈”匹敵。同時，與攻擊自由鋼彈所不同的、關節的顏色是銀色也是其特徵。